More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3136 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 
276 aa  567  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2661  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.87 
 
 
256 aa  292  4e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0306  TrmH family tRNA methyltransferase  50.19 
 
 
268 aa  261  6.999999999999999e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2061  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.8 
 
 
254 aa  256  3e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_002950  PG1848  RNA methyltransferase  47.6 
 
 
249 aa  243  3e-63  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0728  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.54 
 
 
244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1164  hypothetical protein  45 
 
 
246 aa  230  2e-59  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.2944 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0406  RNA methyltransferase  42.45 
 
 
244 aa  226  3e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0940631  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2929  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.75 
 
 
263 aa  222  6e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05650  putative tRNA:rRNA methyltransferase  41.56 
 
 
245 aa  205  7e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  38.27 
 
 
249 aa  172  5e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.34 
 
 
245 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.17 
 
 
246 aa  168  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  37.19 
 
 
249 aa  167  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.68 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.18 
 
 
315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.68 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  35.12 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  35.12 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  35.12 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  35.12 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  35.12 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.12 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  35.68 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.12 
 
 
247 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  34.71 
 
 
248 aa  161  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  34.85 
 
 
247 aa  159  5e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.36 
 
 
310 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.07 
 
 
246 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  34.02 
 
 
247 aa  155  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.74 
 
 
247 aa  153  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  35.1 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  34.98 
 
 
243 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1425  rRNA methylase  35.74 
 
 
233 aa  151  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022514  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  32.81 
 
 
277 aa  150  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.26 
 
 
292 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.26 
 
 
292 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.71 
 
 
254 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
250 aa  148  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.33 
 
 
387 aa  148  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.29 
 
 
255 aa  147  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  33.88 
 
 
242 aa  146  4.0000000000000006e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.1 
 
 
327 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.8 
 
 
246 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0619  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34 
 
 
248 aa  143  3e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.93 
 
 
246 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.68 
 
 
237 aa  143  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.2 
 
 
247 aa  142  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  36.78 
 
 
247 aa  142  5e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  35 
 
 
248 aa  141  9e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  34.07 
 
 
322 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  30.17 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.74 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.29 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  34.59 
 
 
323 aa  140  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0572  RNA methyltransferase  33.6 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  34.02 
 
 
248 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  33.72 
 
 
288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  31.4 
 
 
248 aa  139  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  31.4 
 
 
248 aa  139  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.23 
 
 
246 aa  139  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  32.13 
 
 
251 aa  138  7.999999999999999e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.43 
 
 
251 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  31.09 
 
 
244 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.1 
 
 
249 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.79 
 
 
256 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.61 
 
 
247 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1270  RNA methyltransferase  40.31 
 
 
251 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.907902  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.74 
 
 
247 aa  137  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.43 
 
 
250 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0590  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.22 
 
 
247 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0629521 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.79 
 
 
256 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  31.28 
 
 
289 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.89 
 
 
251 aa  137  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000179001  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.38 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0683  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.69 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.427045 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  31.28 
 
 
289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.96 
 
 
416 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  35.27 
 
 
251 aa  136  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1909  RNA methyltransferase  32.93 
 
 
256 aa  135  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000520024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3354  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.33 
 
 
246 aa  135  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0824924  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  34.15 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.71 
 
 
652 aa  135  6.0000000000000005e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0750  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.1 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050001  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf131  SpoU class tRNA/rRNA methyltransferase  34.73 
 
 
229 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.96 
 
 
442 aa  135  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  31.56 
 
 
245 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0738  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.69 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000750261  hitchhiker  0.000830683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0708  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.69 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.106779  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3646  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.69 
 
 
246 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0005449  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.19 
 
 
253 aa  135  9e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  33.2 
 
 
248 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.33 
 
 
248 aa  135  9e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0690  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.47 
 
 
246 aa  135  9e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3790  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.47 
 
 
246 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  33.88 
 
 
248 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3644  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.47 
 
 
246 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.28 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0684  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.29 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000107401  hitchhiker  0.000276778 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.69 
 
 
246 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>