More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0172 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  100 
 
 
249 aa  510  1e-144  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  87.04 
 
 
248 aa  453  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  87.04 
 
 
248 aa  453  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  58.37 
 
 
247 aa  297  9e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  57.96 
 
 
247 aa  297  1e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.37 
 
 
247 aa  296  2e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  59.17 
 
 
247 aa  296  3e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.96 
 
 
247 aa  293  1e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  57.96 
 
 
247 aa  293  1e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  57.96 
 
 
247 aa  293  1e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  57.96 
 
 
247 aa  293  1e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  57.96 
 
 
247 aa  293  1e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  57.96 
 
 
247 aa  293  1e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.96 
 
 
247 aa  293  1e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.44 
 
 
246 aa  289  3e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.56 
 
 
245 aa  279  4e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  51.24 
 
 
249 aa  243  9.999999999999999e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  51.45 
 
 
249 aa  244  9.999999999999999e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  47.08 
 
 
243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.39 
 
 
246 aa  232  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  48.36 
 
 
251 aa  229  3e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  48.54 
 
 
242 aa  223  2e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  47.7 
 
 
277 aa  222  4e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  47.37 
 
 
289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  48.76 
 
 
248 aa  219  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  47.37 
 
 
289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1425  rRNA methylase  49.57 
 
 
233 aa  219  3.9999999999999997e-56  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022514  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.96 
 
 
315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.19 
 
 
246 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.26 
 
 
255 aa  211  5.999999999999999e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  45.04 
 
 
247 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  44.77 
 
 
251 aa  208  7e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.15 
 
 
261 aa  205  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.51 
 
 
246 aa  205  5e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  44.35 
 
 
247 aa  205  7e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  41.74 
 
 
248 aa  204  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  42.68 
 
 
244 aa  201  7e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.32 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.15 
 
 
247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.34 
 
 
310 aa  194  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.09 
 
 
327 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40 
 
 
292 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40 
 
 
292 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  38.84 
 
 
288 aa  189  2e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2692  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.29 
 
 
252 aa  186  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.107399  normal  0.310165 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3084  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.02 
 
 
234 aa  185  6e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  38.27 
 
 
323 aa  184  8e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0190  RNA methyltransferase  39.58 
 
 
251 aa  184  9e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.153268  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.66 
 
 
253 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1061  23S rRNA Gm2251 methyltransferase  41.08 
 
 
270 aa  181  7e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0953  RNA methyltransferase  41.08 
 
 
270 aa  181  9.000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  37.45 
 
 
245 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.49 
 
 
239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.92 
 
 
387 aa  179  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  37.96 
 
 
242 aa  178  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.29 
 
 
256 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.92 
 
 
246 aa  177  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.29 
 
 
256 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.29 
 
 
256 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50 
 
 
234 aa  176  4e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3773  RNA methyltransferase  36.44 
 
 
246 aa  175  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.9 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.76 
 
 
336 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  38.87 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.56 
 
 
251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  36.78 
 
 
248 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.07 
 
 
247 aa  171  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  35.95 
 
 
248 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  36.36 
 
 
248 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  35.95 
 
 
248 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.3 
 
 
363 aa  171  1e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.51 
 
 
519 aa  170  2e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  38.91 
 
 
386 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.57 
 
 
349 aa  169  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  36.21 
 
 
250 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.68 
 
 
327 aa  169  5e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1828  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.39 
 
 
264 aa  169  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.07 
 
 
416 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.78 
 
 
326 aa  168  6e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.44 
 
 
324 aa  168  7e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1848  RNA methyltransferase  37.34 
 
 
249 aa  168  8e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  36.93 
 
 
372 aa  167  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.16 
 
 
248 aa  167  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.39 
 
 
250 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.07 
 
 
442 aa  167  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.82 
 
 
334 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.43 
 
 
249 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  32.92 
 
 
251 aa  167  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.04 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.33 
 
 
306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  36.73 
 
 
248 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  37.4 
 
 
248 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  38.43 
 
 
249 aa  166  5e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.65 
 
 
247 aa  165  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.24 
 
 
237 aa  165  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.48 
 
 
250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.48 
 
 
251 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.93 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.19 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.33 
 
 
321 aa  165  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>