More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_38470 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  100 
 
 
238 aa  488  1e-137  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  73.93 
 
 
224 aa  318  6e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.88 
 
 
225 aa  318  6e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  75.63 
 
 
205 aa  313  1.9999999999999998e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76.38 
 
 
213 aa  311  5.999999999999999e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.23 
 
 
214 aa  308  4e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.23 
 
 
214 aa  308  4e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  70.62 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.3 
 
 
214 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.09 
 
 
232 aa  300  1e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  68.54 
 
 
234 aa  295  4e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  72.73 
 
 
227 aa  292  4e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.51 
 
 
215 aa  292  4e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.84 
 
 
214 aa  291  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.01 
 
 
250 aa  285  2.9999999999999996e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.77 
 
 
207 aa  277  9e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.74 
 
 
207 aa  272  4.0000000000000004e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.07 
 
 
212 aa  267  8.999999999999999e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.97 
 
 
222 aa  267  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.5 
 
 
229 aa  259  2e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.14 
 
 
224 aa  255  5e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.16 
 
 
219 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  64.14 
 
 
208 aa  249  3e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  62.98 
 
 
237 aa  238  6.999999999999999e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.67 
 
 
219 aa  237  1e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  60.87 
 
 
235 aa  234  9e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.4 
 
 
254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.4 
 
 
283 aa  225  4e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  42.39 
 
 
268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  44.19 
 
 
282 aa  185  6e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  28.3 
 
 
161 aa  93.2  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.01 
 
 
247 aa  74.3  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  28.07 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0856  putative methyltransferase  34.25 
 
 
397 aa  69.7  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.972031  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.29 
 
 
387 aa  68.9  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
256 aa  67.8  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.14 
 
 
269 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  28.07 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11883  spoU protein (spoU)  26.45 
 
 
238 aa  68.2  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.73 
 
 
268 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  31.62 
 
 
207 aa  68.2  0.0000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4069  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.16 
 
 
229 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351215  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.16 
 
 
229 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.339816  normal  0.0254174 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.16 
 
 
229 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608794  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  30.14 
 
 
268 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0088  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.41 
 
 
229 aa  67  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.62 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3960  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.16 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4130  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.16 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  26.71 
 
 
177 aa  66.2  0.0000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.75 
 
 
165 aa  65.9  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4870  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.29 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0115429 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00157  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.15 
 
 
235 aa  65.1  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  24.71 
 
 
176 aa  64.7  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  26.78 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  26.78 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  26.78 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  26.78 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  26.78 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.78 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  28.89 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  26.32 
 
 
247 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1528  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.19 
 
 
220 aa  63.5  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.16942  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.78 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.33 
 
 
315 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0053  tRNA/rRNA methyltransferase  25.33 
 
 
218 aa  64.3  0.000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0042  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
230 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.37 
 
 
247 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.37 
 
 
247 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0038  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
230 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4148  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.97 
 
 
230 aa  63.5  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.84 
 
 
180 aa  63.2  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  25.97 
 
 
277 aa  63.5  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2876  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.26 
 
 
201 aa  62.8  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3066  putative methyltransferase  31.72 
 
 
365 aa  62.8  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000260678 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3203  putative methyltransferase  28 
 
 
395 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1972  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.17 
 
 
197 aa  62.8  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0293079 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3340  putative methyltransferase  28 
 
 
388 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187439  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4154  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2249  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.99 
 
 
234 aa  62.4  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03508  tRNA (Guanosine-2'-O-)-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0054  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3862  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.33 
 
 
176 aa  62  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.67 
 
 
230 aa  62  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545722  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  26.97 
 
 
247 aa  62  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3462  putative methyltransferase  28 
 
 
388 aa  62.4  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.819699  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0060  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232977 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3745  putative methyltransferase  29.31 
 
 
366 aa  62  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.319573  normal  0.284023 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  27.45 
 
 
178 aa  62.4  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03460  hypothetical protein  24 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3986  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4102  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24 
 
 
229 aa  62  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3496  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.86 
 
 
234 aa  62  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000329165 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.14 
 
 
181 aa  60.5  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3334  putative methyltransferase  29.14 
 
 
382 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12053  predicted protein  24.84 
 
 
169 aa  60.8  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00023289  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.32 
 
 
245 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4975  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.97 
 
 
235 aa  60.1  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>