More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1346 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 
331 aa  665    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  81.4 
 
 
330 aa  504  1e-141  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.6 
 
 
327 aa  338  7e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  53.42 
 
 
323 aa  321  9.999999999999999e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.09 
 
 
326 aa  313  1.9999999999999998e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.62 
 
 
329 aa  313  1.9999999999999998e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  50.62 
 
 
328 aa  313  2.9999999999999996e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.31 
 
 
333 aa  301  9e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  51.34 
 
 
339 aa  299  5e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  48.08 
 
 
329 aa  285  8e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.85 
 
 
320 aa  280  3e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  48.3 
 
 
320 aa  280  3e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.69 
 
 
321 aa  279  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.31 
 
 
324 aa  276  4e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  46.63 
 
 
322 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.85 
 
 
321 aa  273  3e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  47.66 
 
 
314 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.93 
 
 
324 aa  271  2e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.38 
 
 
316 aa  270  2e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  47.53 
 
 
314 aa  264  2e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  45.99 
 
 
314 aa  261  1e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  42.09 
 
 
372 aa  260  2e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  46.37 
 
 
312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.38 
 
 
322 aa  258  9e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  46.23 
 
 
322 aa  256  4e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  41.18 
 
 
373 aa  255  6e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.6 
 
 
326 aa  255  7e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.89 
 
 
324 aa  255  7e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.6 
 
 
339 aa  252  6e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.72 
 
 
306 aa  252  6e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  49.02 
 
 
386 aa  240  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.33 
 
 
363 aa  236  3e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.99 
 
 
319 aa  235  8e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  46.27 
 
 
314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.27 
 
 
314 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  46.27 
 
 
314 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  42.38 
 
 
339 aa  230  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  43.58 
 
 
250 aa  208  9e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.99 
 
 
310 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.5 
 
 
327 aa  186  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.56 
 
 
292 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.56 
 
 
292 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  32.27 
 
 
289 aa  182  7e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  32.27 
 
 
289 aa  182  9.000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  35.23 
 
 
323 aa  180  2.9999999999999997e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  35.77 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  37.72 
 
 
536 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.94 
 
 
387 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.4 
 
 
416 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.4 
 
 
442 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.86 
 
 
336 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.43 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  39.15 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  38.37 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.08 
 
 
349 aa  172  5e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.25 
 
 
335 aa  172  6.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.17 
 
 
247 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.9 
 
 
253 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.55 
 
 
247 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  38.55 
 
 
247 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  38.55 
 
 
247 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  38.55 
 
 
247 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  38.55 
 
 
247 aa  171  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.29 
 
 
315 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.58 
 
 
652 aa  171  1e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  38.55 
 
 
247 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.55 
 
 
247 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  38.93 
 
 
247 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03790  rRNA methylase, putative, group 3  35.52 
 
 
300 aa  171  2e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000601463  normal  0.201311 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.55 
 
 
247 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40 
 
 
246 aa  170  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
288 aa  170  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  35.36 
 
 
277 aa  170  3e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.69 
 
 
247 aa  169  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  38.17 
 
 
247 aa  169  7e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  41.15 
 
 
246 aa  169  8e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.08 
 
 
334 aa  168  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.7 
 
 
542 aa  167  2e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.58 
 
 
248 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.96 
 
 
249 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.19 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  36.68 
 
 
245 aa  163  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.74 
 
 
247 aa  163  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  34.1 
 
 
249 aa  164  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  38.34 
 
 
244 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.77 
 
 
519 aa  162  8.000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.97 
 
 
250 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0116  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  37.89 
 
 
238 aa  162  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.328344  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.41 
 
 
239 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  39.33 
 
 
248 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.55 
 
 
246 aa  160  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.58 
 
 
246 aa  159  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  39.67 
 
 
248 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  37.11 
 
 
245 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  36.72 
 
 
248 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.47 
 
 
255 aa  157  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.33 
 
 
246 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  34.22 
 
 
249 aa  156  4e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  35.02 
 
 
248 aa  155  7e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.72 
 
 
256 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>