More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_12700 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  100 
 
 
320 aa  626  1e-178  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  57.61 
 
 
339 aa  340  1e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.55 
 
 
321 aa  335  7.999999999999999e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  56.52 
 
 
323 aa  334  1e-90  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  56.75 
 
 
327 aa  333  3e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.73 
 
 
326 aa  331  1e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.25 
 
 
329 aa  330  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  53.33 
 
 
328 aa  330  2e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.01 
 
 
333 aa  328  8e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  55.66 
 
 
314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  56.19 
 
 
321 aa  311  1e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.31 
 
 
324 aa  310  2e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.24 
 
 
316 aa  310  2.9999999999999997e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  55.27 
 
 
314 aa  305  7e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.97 
 
 
326 aa  300  2e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  52.53 
 
 
312 aa  295  5e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  53.99 
 
 
314 aa  295  6e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.82 
 
 
339 aa  295  9e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  54.95 
 
 
322 aa  293  2e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  55.25 
 
 
329 aa  291  9e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.77 
 
 
324 aa  291  1e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  54.95 
 
 
314 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  54.95 
 
 
314 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  54.95 
 
 
314 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.66 
 
 
331 aa  280  2e-74  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.65 
 
 
320 aa  275  6e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  45.84 
 
 
372 aa  271  1e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.48 
 
 
322 aa  269  5e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  48.55 
 
 
322 aa  267  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  48.35 
 
 
363 aa  265  7e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  45.5 
 
 
373 aa  265  7e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.52 
 
 
319 aa  265  7e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.16 
 
 
306 aa  262  4.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  46.13 
 
 
330 aa  259  3e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  48.12 
 
 
324 aa  258  7e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  44.57 
 
 
386 aa  256  4e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  44.86 
 
 
339 aa  247  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  49.37 
 
 
250 aa  210  2e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.85 
 
 
315 aa  205  7e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  42.86 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.57 
 
 
247 aa  198  9e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.45 
 
 
246 aa  197  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  42.17 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  42.17 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  42.17 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  42.17 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  42.17 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.17 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.17 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  42.97 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.17 
 
 
247 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  44.31 
 
 
243 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.68 
 
 
245 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  42.17 
 
 
247 aa  192  7e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.08 
 
 
387 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.57 
 
 
542 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  39.33 
 
 
289 aa  190  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.31 
 
 
652 aa  189  5e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  38.91 
 
 
289 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  40.66 
 
 
247 aa  186  7e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.33 
 
 
334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  44.86 
 
 
536 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.96 
 
 
292 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.96 
 
 
292 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39 
 
 
349 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  38.73 
 
 
323 aa  182  8.000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.26 
 
 
327 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  40.32 
 
 
249 aa  181  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.8 
 
 
246 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.3 
 
 
310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  41.18 
 
 
249 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.51 
 
 
413 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.67 
 
 
246 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.25 
 
 
336 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.44 
 
 
335 aa  178  9e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.67 
 
 
246 aa  176  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  47.37 
 
 
245 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.56 
 
 
416 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  43.27 
 
 
246 aa  175  8e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.56 
 
 
442 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  39.84 
 
 
248 aa  172  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  39.84 
 
 
248 aa  172  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  44.67 
 
 
248 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  39.84 
 
 
251 aa  171  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3773  RNA methyltransferase  40.98 
 
 
246 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  44.63 
 
 
254 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  43.39 
 
 
245 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.58 
 
 
247 aa  170  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.14 
 
 
519 aa  168  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  38.68 
 
 
288 aa  168  1e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  42.86 
 
 
246 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.96 
 
 
243 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.96 
 
 
243 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  42.19 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.67 
 
 
261 aa  166  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.39 
 
 
245 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3444  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  42.17 
 
 
243 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.882432  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.8 
 
 
251 aa  166  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.21 
 
 
254 aa  166  5e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3601  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.77 
 
 
243 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>