More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6933 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6933  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
235 aa  452  1.0000000000000001e-126  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2995  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.57 
 
 
261 aa  115  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.2 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.15 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.76 
 
 
236 aa  72.4  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  25.91 
 
 
267 aa  72  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2845  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.06 
 
 
269 aa  71.6  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.164972  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  29.88 
 
 
226 aa  71.6  0.000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.35 
 
 
285 aa  71.6  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.07 
 
 
227 aa  71.2  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.130362  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  30.67 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.89 
 
 
263 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.83 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.2 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0863  rRNA (adenosine-2'-O-)-methyltransferase  39.39 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.833783  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.22 
 
 
266 aa  68.6  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.71 
 
 
271 aa  68.2  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000328587  hitchhiker  0.000303347 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.6 
 
 
265 aa  68.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  32.78 
 
 
260 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0464  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.11 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.92 
 
 
243 aa  66.2  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.38 
 
 
264 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0537  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.12 
 
 
266 aa  65.9  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0842858  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1735  SpoU rRNA methylase family protein  27.17 
 
 
265 aa  65.5  0.0000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0596  RNA methyltransferase  25.48 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30 
 
 
272 aa  65.5  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.38 
 
 
253 aa  64.7  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1084  RNA methyltransferase  31.37 
 
 
242 aa  64.3  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1036  RNA methyltransferase  31.37 
 
 
242 aa  64.3  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03790  rRNA methylase, putative, group 3  26.88 
 
 
300 aa  64.7  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000601463  normal  0.201311 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  26.97 
 
 
274 aa  64.7  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1035  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 
262 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1916  tRNA and rRNA methylase  25.87 
 
 
249 aa  63.5  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.581034  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.4 
 
 
250 aa  63.9  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  34.15 
 
 
275 aa  62.8  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.59 
 
 
248 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  32.73 
 
 
288 aa  62.8  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.28 
 
 
260 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.37 
 
 
268 aa  62.4  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0955758  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1016  RNA methyltransferase  29.93 
 
 
234 aa  62.4  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0830  RNA methyltransferase  26.29 
 
 
226 aa  62  0.000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0190975  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  31.72 
 
 
242 aa  62  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.51 
 
 
292 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0149  RNA methyltransferase  29.41 
 
 
227 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.913365  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0230  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.21 
 
 
237 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.21153 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  24.26 
 
 
265 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  24.26 
 
 
254 aa  60.5  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.44 
 
 
282 aa  60.8  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16290  rRNA methylase  28.86 
 
 
289 aa  60.5  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.484728  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.59 
 
 
248 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1148  RNA methyltransferase  29.69 
 
 
226 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.86 
 
 
272 aa  60.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1790  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.34 
 
 
250 aa  60.5  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0289  RNA methyltransferase  22.37 
 
 
226 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.33 
 
 
270 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.48 
 
 
261 aa  60.5  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.59 
 
 
248 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  24.68 
 
 
254 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  27.87 
 
 
271 aa  60.1  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.89 
 
 
260 aa  60.1  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.74 
 
 
277 aa  60.1  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2492  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.35 
 
 
269 aa  60.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.62 
 
 
246 aa  60.1  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3145  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.89 
 
 
260 aa  60.1  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00100034  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0168  RNA methyltransferase  28.68 
 
 
227 aa  60.1  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.28 
 
 
277 aa  59.7  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  30.17 
 
 
254 aa  59.7  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0332  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.71 
 
 
272 aa  59.3  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0189  RNA methyltransferase  28.68 
 
 
227 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.36 
 
 
260 aa  59.3  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004009  RNA methyltransferase TrmH family  27.54 
 
 
244 aa  59.3  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.11 
 
 
252 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.12 
 
 
262 aa  58.9  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.79 
 
 
270 aa  58.9  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.625975  normal  0.133256 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01509  hypothetical protein  28.48 
 
 
244 aa  58.9  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5480  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.48 
 
 
272 aa  58.9  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666691  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.11 
 
 
304 aa  58.9  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.57 
 
 
254 aa  58.9  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  24.26 
 
 
254 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.42 
 
 
294 aa  58.9  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22400  rRNA methylase  36.84 
 
 
280 aa  58.9  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.58 
 
 
286 aa  58.9  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  23.83 
 
 
254 aa  58.5  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  35.1 
 
 
323 aa  58.5  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  33.33 
 
 
323 aa  58.5  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.38 
 
 
274 aa  58.5  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.808009 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  23.83 
 
 
254 aa  58.5  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  23.83 
 
 
254 aa  58.5  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.04 
 
 
241 aa  58.2  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.240976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.03 
 
 
286 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  31.69 
 
 
294 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.65 
 
 
257 aa  58.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  23.83 
 
 
265 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  21.7 
 
 
257 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  21.7 
 
 
257 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.43 
 
 
273 aa  58.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.26 
 
 
254 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1692  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.41 
 
 
256 aa  58.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31979  normal  0.210627 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  33.12 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  23.83 
 
 
265 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>