More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004009 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_004009  RNA methyltransferase TrmH family  100 
 
 
244 aa  500  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01509  hypothetical protein  90.53 
 
 
244 aa  455  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0330  RNA methyltransferase  83.54 
 
 
257 aa  427  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3229  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.32 
 
 
247 aa  303  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.39 
 
 
248 aa  228  7e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145842  normal  0.345064 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1465  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.83 
 
 
242 aa  214  9e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2725  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.8 
 
 
253 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1916  tRNA and rRNA methylase  45.9 
 
 
249 aa  212  5.999999999999999e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.581034  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1268  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.65 
 
 
249 aa  204  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.806095  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1647  hypothetical protein  41.13 
 
 
258 aa  192  5e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.98 
 
 
243 aa  191  7e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1675  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.44 
 
 
248 aa  190  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12258  putative tRNA/rRNA methyltransferase  43.09 
 
 
244 aa  189  5e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1516  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.65 
 
 
262 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0744  RNA methyltransferase  38.04 
 
 
254 aa  169  3e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.19 
 
 
246 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.19 
 
 
246 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  34.02 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  31.8 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  34.02 
 
 
254 aa  118  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0464  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.4 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  34.02 
 
 
254 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  33.61 
 
 
265 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  34.01 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  33.61 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  33.61 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.02 
 
 
251 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  33.2 
 
 
265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  33.2 
 
 
254 aa  115  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.88 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.66 
 
 
254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.61 
 
 
254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.97 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.73 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.02 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.34 
 
 
256 aa  109  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.74 
 
 
254 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.25 
 
 
266 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  26.59 
 
 
267 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  31.87 
 
 
274 aa  107  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.26 
 
 
241 aa  106  4e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.240976  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.81 
 
 
294 aa  105  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  32.81 
 
 
297 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  32.81 
 
 
297 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.22 
 
 
248 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.09 
 
 
267 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000197241  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.3 
 
 
286 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.05 
 
 
252 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2169  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.86 
 
 
261 aa  101  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000507695  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.44 
 
 
271 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000299971  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  29.8 
 
 
265 aa  100  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0387  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.04 
 
 
242 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.01 
 
 
248 aa  99  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.12 
 
 
248 aa  98.6  7e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.12 
 
 
248 aa  98.6  7e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1394  rRNA methylase  30.13 
 
 
253 aa  98.6  8e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000633363  hitchhiker  1.76373e-23 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0769  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.5 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1221  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.15 
 
 
258 aa  97.1  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000766628  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.02 
 
 
286 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0561  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.08 
 
 
254 aa  96.3  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1035  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.15 
 
 
262 aa  95.9  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.86 
 
 
268 aa  95.9  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0955758  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.29 
 
 
269 aa  95.5  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2125  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.05 
 
 
267 aa  95.5  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00183225 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0915  rRNA methylase  31.35 
 
 
255 aa  95.1  9e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00701819  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1728  rRNA methylase  30.83 
 
 
257 aa  95.1  9e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1735  SpoU rRNA methylase family protein  28.24 
 
 
265 aa  94.7  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.75 
 
 
286 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  27.6 
 
 
264 aa  94.4  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2462  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.63 
 
 
237 aa  94.4  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0025  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.35 
 
 
286 aa  93.6  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152428 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1800  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.71 
 
 
265 aa  92.8  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  28.14 
 
 
234 aa  92.8  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  30.08 
 
 
294 aa  92.4  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  27.5 
 
 
257 aa  92.4  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.27 
 
 
270 aa  92  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl258  rRNA methylase  26.34 
 
 
251 aa  92  8e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000982584  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.55 
 
 
270 aa  91.7  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.74 
 
 
266 aa  91.7  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2492  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.07 
 
 
269 aa  89.7  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.07 
 
 
261 aa  90.1  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1437  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
235 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418693  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.64 
 
 
261 aa  89.7  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.142554  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  27.67 
 
 
275 aa  87.8  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.93 
 
 
265 aa  87.8  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.24 
 
 
265 aa  87.8  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  30.43 
 
 
260 aa  87  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.51 
 
 
236 aa  86.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08786  putative rRNA methylase  25.4 
 
 
264 aa  86.7  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.17 
 
 
272 aa  85.5  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.76 
 
 
263 aa  85.9  6e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.46 
 
 
285 aa  85.5  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.77 
 
 
266 aa  85.5  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  27.27 
 
 
257 aa  85.5  8e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0462  RNA methyltransferase  27.16 
 
 
255 aa  85.1  9e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.08 
 
 
245 aa  84.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.38 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.94 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.91 
 
 
283 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.914691 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35 
 
 
257 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>