90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1578 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1578  cytochrome c, class I  100 
 
 		 113 aa  233  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  36.63 
 
 		 103 aa  70.1  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 104 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2034  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  44.29 
 
 		 98 aa  62.8  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.738809 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  30 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  40.79 
 
 		 124 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  40 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  30.56 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1330  cytochrome c553-like protein  42.25 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.219398  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  40 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3427  cytochrome c, class I  36.62 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4567  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798656  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  39.39 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  29.73 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  33.04 
 
 		 199 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3047  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 106 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.545307  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1162  cytochrome c, class I  31 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.806523  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  32.93 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  37.68 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4438  cytochrome c553-like  35.44 
 
 		 112 aa  50.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1848  cytochrome c class I  35.53 
 
 		 238 aa  49.7  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.298737  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  33.94 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  32.88 
 
 		 108 aa  49.7  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1844  cytochrome c class I  33.78 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000314475  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3771  putative cytochrome c  40.3 
 
 		 125 aa  48.9  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  35.42 
 
 		 256 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  32.35 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2787  cytochrome c, class I  33.66 
 
 		 188 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2428  putative cytochrome c  39.71 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1476  putative signal peptide protein  36.76 
 
 		 109 aa  47.4  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.907195  normal  0.613134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3136  cytochrome c, class I  31.37 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  32.39 
 
 		 116 aa  47  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0621  cytochrome c class I  36.99 
 
 		 269 aa  47  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0076  cytochrome c4 precursor  39.19 
 
 		 227 aa  46.2  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3107  cytochrome c4  30.77 
 
 		 234 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0350454  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 260 aa  46.2  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  37.88 
 
 		 236 aa  45.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1779  cytochrome c family protein  34.85 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  35.11 
 
 		 220 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2750  cytochrome c class I  36.23 
 
 		 230 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0318755  hitchhiker  0.00000419826 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3152  cytochrome c552  36.23 
 
 		 230 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720354  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  34.72 
 
 		 224 aa  45.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 216 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0943  putative cytochrome c  44 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164432  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0346  putative cytochrome c, class I  36.11 
 
 		 269 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  29.87 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  36.51 
 
 		 126 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  35.62 
 
 		 318 aa  43.9  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 226 aa  43.9  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  35.71 
 
 		 216 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 216 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  31.88 
 
 		 206 aa  43.5  0.0009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  34.21 
 
 		 225 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  25.23 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  38.24 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  38.24 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  38.24 
 
 		 219 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1185  cytochrome c family protein  28.57 
 
 		 214 aa  43.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.472956  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  32.35 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3133  putative signal peptide protein  37.74 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1404  cytochrome c, class I  32.35 
 
 		 263 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6830  cytochrome c, class I  34.94 
 
 		 292 aa  42  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0812003  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4079  putative cytochrome c, class I  37.33 
 
 		 269 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  34.29 
 
 		 217 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1310  diheme-containing protein c4  32.39 
 
 		 210 aa  42  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0729  hypothetical protein  26.21 
 
 		 110 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  36.23 
 
 		 199 aa  42  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  31.03 
 
 		 118 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3191  cytochrome c, class I  32.43 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 222 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  34.78 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1873  putative cytochrome c  32.39 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.490249  normal  0.677809 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0546  cytochrome c, class I  32.88 
 
 		 249 aa  40.8  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  28.28 
 
 		 206 aa  40.8  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  35.29 
 
 		 116 aa  40.4  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  30.43 
 
 		 273 aa  40.8  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 230 aa  40.4  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6834  cytochrome c, class I  35.29 
 
 		 218 aa  40.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.221701 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5446  putative cytochrome c4 precursor  31.34 
 
 		 196 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.712541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  31.34 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0905  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  32.39 
 
 		 287 aa  40.4  0.009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  29.36 
 
 		 208 aa  40.4  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  32.88 
 
 		 207 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  36.49 
 
 		 414 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  32.88 
 
 		 207 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2349  cytochrome c class I  35.53 
 
 		 219 aa  40  0.01  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461178  hitchhiker  0.0000000978123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  32.88 
 
 		 207 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  30.69 
 
 		 217 aa  40  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  32.88 
 
 		 207 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  30.88 
 
 		 198 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>