294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4157 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  100 
 
 		 236 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  66.82 
 
 		 235 aa  293  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  47.86 
 
 		 126 aa  101  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  39.84 
 
 		 123 aa  101  9e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  44.55 
 
 		 382 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  43.81 
 
 		 129 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 132 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  44.66 
 
 		 179 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  41.44 
 
 		 148 aa  98.6  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  41.44 
 
 		 148 aa  98.6  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  40.6 
 
 		 128 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  42.31 
 
 		 129 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  45.63 
 
 		 180 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  43.9 
 
 		 132 aa  96.3  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 224 aa  96.3  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  47.47 
 
 		 154 aa  95.1  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  41.51 
 
 		 144 aa  95.1  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  41.51 
 
 		 144 aa  95.1  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  44.17 
 
 		 129 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  43.12 
 
 		 179 aa  92.8  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  42.16 
 
 		 111 aa  92.4  6e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  42.14 
 
 		 224 aa  92.4  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  46.08 
 
 		 308 aa  91.7  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  41.12 
 
 		 202 aa  91.3  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  41.12 
 
 		 192 aa  91.3  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  43.62 
 
 		 143 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4954  Cytochrome c553-like protein  53.25 
 
 		 139 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  40.16 
 
 		 131 aa  90.5  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  40.16 
 
 		 131 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  41.28 
 
 		 182 aa  90.5  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  40.4 
 
 		 104 aa  90.5  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  38.93 
 
 		 121 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  34.01 
 
 		 144 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  42.19 
 
 		 124 aa  90.1  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  45.83 
 
 		 174 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  45.83 
 
 		 174 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  43.14 
 
 		 323 aa  89  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4365  cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  53.25 
 
 		 154 aa  89  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  41.46 
 
 		 127 aa  89  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  42.39 
 
 		 136 aa  88.6  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  45.63 
 
 		 122 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  38.83 
 
 		 110 aa  87.8  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  38.32 
 
 		 199 aa  88.2  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4249  putative cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  51.95 
 
 		 148 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.22639 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  42.57 
 
 		 176 aa  86.7  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  40.2 
 
 		 112 aa  86.7  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  44.66 
 
 		 122 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  39.42 
 
 		 158 aa  85.9  5e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  33.56 
 
 		 147 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  39.42 
 
 		 126 aa  85.5  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  42 
 
 		 132 aa  85.1  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 183 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  41 
 
 		 175 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  44.9 
 
 		 118 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  36.64 
 
 		 121 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  43.93 
 
 		 131 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 149 aa  83.6  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  42.57 
 
 		 118 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  40.71 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  29.7 
 
 		 474 aa  82.4  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  43.36 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  37.19 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  39.83 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  38.98 
 
 		 185 aa  82  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  37.12 
 
 		 133 aa  82  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  38.68 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  37.74 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  38.68 
 
 		 305 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  39.81 
 
 		 165 aa  81.6  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  40.54 
 
 		 126 aa  81.3  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  37.59 
 
 		 132 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  43.43 
 
 		 133 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  41.58 
 
 		 119 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  37.88 
 
 		 133 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  43.3 
 
 		 124 aa  80.1  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  40.5 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  40.37 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  37.76 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  36.7 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  37.96 
 
 		 185 aa  78.6  0.00000000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  38.35 
 
 		 127 aa  78.2  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  37.86 
 
 		 184 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 140 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 122 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  49.32 
 
 		 139 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  35.04 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  36.56 
 
 		 115 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  36.73 
 
 		 342 aa  77  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  30.07 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  31.67 
 
 		 185 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  41.49 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  38.53 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  37.62 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  35.78 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  40.38 
 
 		 166 aa  75.1  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  38.38 
 
 		 296 aa  75.1  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  40.43 
 
 		 130 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  37.11 
 
 		 183 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>