175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2070 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  100 
 
 		 122 aa  254  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  96.15 
 
 		 122 aa  214  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  55.37 
 
 		 128 aa  140  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  52.48 
 
 		 154 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  51.02 
 
 		 129 aa  123  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  47.37 
 
 		 132 aa  110  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  45.9 
 
 		 148 aa  110  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  45.9 
 
 		 148 aa  110  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  42.37 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  42.37 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  43.97 
 
 		 133 aa  104  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  43.59 
 
 		 120 aa  95.9  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  41.23 
 
 		 121 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  40.35 
 
 		 121 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  37.39 
 
 		 133 aa  91.3  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  44.66 
 
 		 236 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  39.22 
 
 		 122 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  42.22 
 
 		 136 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  39.81 
 
 		 119 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  40.21 
 
 		 118 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  37.37 
 
 		 111 aa  84  6e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 124 aa  83.6  9e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  39.36 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  38.6 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  36.51 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  40 
 
 		 115 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  36.89 
 
 		 133 aa  81.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  38.83 
 
 		 308 aa  81.3  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 123 aa  81.3  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  36.13 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  39.02 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  36.27 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  36.27 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  37.61 
 
 		 129 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  35 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  35.59 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  35.71 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  37.11 
 
 		 118 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  38.05 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  29.71 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  43.56 
 
 		 235 aa  77  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  32.2 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  33.88 
 
 		 224 aa  77  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  36.63 
 
 		 126 aa  76.6  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  33.88 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  33.9 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  39.08 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  32.09 
 
 		 147 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  34.34 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  30.61 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  36.17 
 
 		 329 aa  74.7  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  35.35 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  39.22 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  33.33 
 
 		 104 aa  73.2  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 382 aa  73.2  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  35.16 
 
 		 143 aa  72.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  32.77 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  36.05 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  36.05 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  34.88 
 
 		 120 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  35.64 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  36.27 
 
 		 185 aa  71.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  34.88 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  32.99 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3100  cytochrome c class I  36.08 
 
 		 429 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00535618  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  34.44 
 
 		 183 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0488  cytochrome c, class I  35.51 
 
 		 169 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 225 aa  70.1  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  33.66 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  36 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2440  WD-40 repeat-containing protein  37.04 
 
 		 433 aa  69.7  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00410064  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  34.82 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  38.14 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  30.97 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2672  hypothetical protein  35.79 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0619272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  36.27 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  35.05 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  32.58 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  31.67 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  35.85 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  35.56 
 
 		 160 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  34.71 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  34.07 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  31.68 
 
 		 474 aa  66.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  42.47 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3742  cytochrome c, class I  32.17 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443469  hitchhiker  0.000332538 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  32.69 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  32.76 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3205  cytochrome c class I  32.2 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.111252 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3194  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 428 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  34.38 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  34.38 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3070  WD-40 repeat protein  34.38 
 
 		 438 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2844  WD-40 repeat-containing protein  34.38 
 
 		 440 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  32.69 
 
 		 165 aa  64.3  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  35.58 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  30 
 
 		 212 aa  63.9  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 236 aa  63.9  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  32.69 
 
 		 180 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>