165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2511 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  100 
 
 
132 aa  266  5.9999999999999995e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  49.18 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  50 
 
 
382 aa  108  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  43.31 
 
 
131 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  41.74 
 
 
342 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  43.31 
 
 
131 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  44.34 
 
 
166 aa  107  7.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  46.67 
 
 
130 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  49.51 
 
 
147 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  47.06 
 
 
176 aa  104  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  50.44 
 
 
112 aa  103  5e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  52.13 
 
 
110 aa  103  6e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  47.12 
 
 
165 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  52.04 
 
 
104 aa  102  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  42.74 
 
 
148 aa  100  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  42.74 
 
 
148 aa  100  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  46.6 
 
 
286 aa  100  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  50 
 
 
296 aa  100  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  45.05 
 
 
202 aa  99.4  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  42.98 
 
 
124 aa  99  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  45.05 
 
 
192 aa  99  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  46.39 
 
 
174 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  46.39 
 
 
174 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  48.98 
 
 
118 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  44.04 
 
 
228 aa  97.4  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  42.45 
 
 
144 aa  95.9  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  43.9 
 
 
236 aa  96.3  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  42.45 
 
 
144 aa  95.9  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  41.09 
 
 
121 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  41.67 
 
 
175 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  37.93 
 
 
235 aa  95.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  46.08 
 
 
118 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  44.55 
 
 
220 aa  94  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  44.07 
 
 
121 aa  94  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  46.02 
 
 
149 aa  94  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  46.39 
 
 
143 aa  93.2  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  46.15 
 
 
111 aa  93.2  1e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  42.37 
 
 
129 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  43.3 
 
 
126 aa  92.8  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  44.23 
 
 
209 aa  93.2  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  44.74 
 
 
132 aa  92.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  42.97 
 
 
128 aa  92  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  45.92 
 
 
124 aa  92  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  42.11 
 
 
136 aa  92  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  41.35 
 
 
263 aa  92  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  43.24 
 
 
224 aa  92  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  42.74 
 
 
129 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  39.2 
 
 
132 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  41.32 
 
 
185 aa  91.3  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  37.7 
 
 
212 aa  91.3  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  38.94 
 
 
133 aa  90.1  9e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  46.15 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  43.56 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  44.12 
 
 
173 aa  89  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  44.14 
 
 
166 aa  88.6  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  46.43 
 
 
122 aa  89  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  41.67 
 
 
123 aa  89.4  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  47.25 
 
 
119 aa  88.6  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  44.55 
 
 
131 aa  89.4  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  41.58 
 
 
180 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3651  cytochrome c, class I  44.86 
 
 
158 aa  88.6  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278584  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  42.61 
 
 
224 aa  88.6  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  43.01 
 
 
183 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  41.96 
 
 
172 aa  87.4  5e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  44.33 
 
 
133 aa  87.4  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  39.22 
 
 
154 aa  87.4  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  39.29 
 
 
185 aa  87.4  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  40.59 
 
 
236 aa  87  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  43.27 
 
 
474 aa  87  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  45.56 
 
 
184 aa  86.7  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  39.66 
 
 
130 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  41 
 
 
184 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  43.2 
 
 
199 aa  85.9  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  39.6 
 
 
174 aa  85.9  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  43.12 
 
 
133 aa  84.7  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  38.61 
 
 
185 aa  84.7  4e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  37.29 
 
 
132 aa  84.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  37.8 
 
 
224 aa  84.3  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  41.18 
 
 
179 aa  84.3  5e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  40.83 
 
 
235 aa  83.6  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  37.17 
 
 
130 aa  83.6  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  44.33 
 
 
124 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  33.83 
 
 
130 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  40.91 
 
 
188 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  42.22 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  45 
 
 
120 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  45 
 
 
120 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  37.25 
 
 
129 aa  81.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  38.78 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  36.03 
 
 
144 aa  81.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  40.59 
 
 
225 aa  80.9  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  40.77 
 
 
120 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  39.52 
 
 
127 aa  80.9  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3547  cytochrome c2  37.5 
 
 
146 aa  80.5  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.421654  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  42.05 
 
 
184 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  40.66 
 
 
133 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  42 
 
 
133 aa  79.7  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  36.13 
 
 
125 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  45.56 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  45.35 
 
 
181 aa  78.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.292913 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>