170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3944 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  100 
 
 		 136 aa  269  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  55.34 
 
 		 144 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  55.34 
 
 		 144 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  59 
 
 		 382 aa  125  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  58.16 
 
 		 143 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  51.46 
 
 		 126 aa  120  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  50.4 
 
 		 202 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  45.76 
 
 		 148 aa  116  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  45.76 
 
 		 148 aa  116  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  50.4 
 
 		 192 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  52.38 
 
 		 133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  51.89 
 
 		 342 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  51.89 
 
 		 132 aa  112  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  46.09 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  51.43 
 
 		 175 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  46.09 
 
 		 130 aa  110  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  43.41 
 
 		 144 aa  110  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  52.04 
 
 		 174 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  52.04 
 
 		 174 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  38.52 
 
 		 235 aa  107  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  49.54 
 
 		 176 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  50 
 
 		 224 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  44.54 
 
 		 147 aa  104  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  47.06 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  43.7 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  45.19 
 
 		 129 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  43.9 
 
 		 129 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  49.06 
 
 		 128 aa  101  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  50.52 
 
 		 124 aa  101  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  46.53 
 
 		 118 aa  100  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  37.59 
 
 		 166 aa  100  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  46.94 
 
 		 104 aa  100  9e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  42.28 
 
 		 121 aa  100  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  46.23 
 
 		 286 aa  100  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  46.81 
 
 		 133 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  43.33 
 
 		 121 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0475  cytochrome c class I  47.83 
 
 		 133 aa  99  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  46.08 
 
 		 112 aa  98.2  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  43.56 
 
 		 111 aa  97.8  5e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  47.52 
 
 		 122 aa  97.4  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  43.27 
 
 		 236 aa  97.1  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  46.6 
 
 		 209 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  42.57 
 
 		 132 aa  96.3  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  37.82 
 
 		 131 aa  95.5  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  37.82 
 
 		 131 aa  95.5  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  46 
 
 		 165 aa  95.5  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  44.12 
 
 		 122 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  46.15 
 
 		 166 aa  95.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  40.95 
 
 		 220 aa  94.4  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  46.81 
 
 		 132 aa  94.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  44.76 
 
 		 174 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  46.39 
 
 		 118 aa  94  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  44.12 
 
 		 122 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  45.63 
 
 		 149 aa  92  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  40.77 
 
 		 133 aa  92.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  40.78 
 
 		 110 aa  92.4  2e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  41.75 
 
 		 154 aa  91.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  44.34 
 
 		 188 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  40.95 
 
 		 185 aa  91.7  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  42.86 
 
 		 115 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  39.26 
 
 		 139 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  45.26 
 
 		 183 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  42.61 
 
 		 212 aa  90.9  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  40.62 
 
 		 184 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  44.34 
 
 		 187 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  42.72 
 
 		 263 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3742  cytochrome c, class I  40.34 
 
 		 139 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443469  hitchhiker  0.000332538 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  38.3 
 
 		 199 aa  89  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  39.42 
 
 		 170 aa  88.6  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  40.37 
 
 		 140 aa  87.8  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  41.73 
 
 		 127 aa  87.4  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  41.18 
 
 		 179 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  41.35 
 
 		 129 aa  86.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3987  cytochrome c, class I  40.34 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855884  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 180 aa  85.9  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  41.75 
 
 		 224 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 182 aa  85.9  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  41.07 
 
 		 185 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  46.24 
 
 		 323 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2440  WD-40 repeat-containing protein  43.14 
 
 		 433 aa  84  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00410064  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  37.7 
 
 		 127 aa  83.6  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  42.31 
 
 		 179 aa  83.6  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  43.4 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  39.37 
 
 		 120 aa  82.8  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  44.9 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3100  cytochrome c class I  40.17 
 
 		 429 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00535618  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 474 aa  82.4  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  43.88 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 224 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3547  cytochrome c2  36.3 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.421654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 236 aa  81.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  43.33 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  47.62 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  43.01 
 
 		 307 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3443  cytochrome c, class I  37.24 
 
 		 155 aa  80.9  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.719104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  43.88 
 
 		 120 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 185 aa  80.5  0.000000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  41.9 
 
 		 305 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  41.9 
 
 		 305 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 186 aa  80.1  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>