149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2672 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2672  hypothetical protein  100 
 
 		 139 aa  289  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0619272  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  41.67 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  34.96 
 
 		 128 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  42.05 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  39.8 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  40.62 
 
 		 118 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  40.86 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  36.43 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  41.11 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  41.11 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  32.65 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  32.99 
 
 		 199 aa  72  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00210  cytochrome C2  37.11 
 
 		 113 aa  72  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  43.02 
 
 		 122 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 382 aa  70.9  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  30.48 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  36.08 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  32.56 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  36.47 
 
 		 130 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  35.79 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  37.89 
 
 		 308 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  35.35 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  34.31 
 
 		 329 aa  68.2  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  34.13 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  29.63 
 
 		 110 aa  67.8  0.00000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  41.76 
 
 		 120 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  36.08 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  41.76 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  37.08 
 
 		 115 aa  66.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  34.96 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  34.96 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  35.29 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  36.54 
 
 		 165 aa  65.5  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  33.33 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1946  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  32.63 
 
 		 104 aa  64.3  0.0000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  36 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1677  cytochrome C2  36.08 
 
 		 151 aa  63.5  0.0000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  34.83 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  35.05 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  31.18 
 
 		 112 aa  62  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  35.29 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  34.4 
 
 		 132 aa  62  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  34.83 
 
 		 224 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  29.63 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  38.2 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  36.46 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  34.48 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  35.29 
 
 		 236 aa  60.8  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  36.46 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  27.96 
 
 		 111 aa  60.1  0.000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  30.71 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  31.5 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1708  putative cytochrome c  36.84 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.329257 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  29.55 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  39 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  32.84 
 
 		 235 aa  58.2  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  31.37 
 
 		 474 aa  58.2  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  32.67 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  36.67 
 
 		 307 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  34.48 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  35.87 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  26.61 
 
 		 124 aa  57  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  33.03 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  35.87 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  33.7 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  36.17 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  37.78 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  33.68 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  33.71 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  29.2 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3651  cytochrome c, class I  35.35 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  35.05 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  32.11 
 
 		 296 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  32.29 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  35.16 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  35.56 
 
 		 305 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  35.56 
 
 		 305 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  32.97 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  28.12 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  33.75 
 
 		 182 aa  53.9  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  29.32 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  32.63 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  32.65 
 
 		 184 aa  53.9  0.0000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  29.91 
 
 		 184 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  32.58 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  32 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  35.05 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3205  cytochrome c class I  31.37 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.111252 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  29.32 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  37.63 
 
 		 236 aa  52.8  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>