162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0712 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  100 
 
 
184 aa  374  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  74.33 
 
 
186 aa  284  5.999999999999999e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  70.63 
 
 
149 aa  181  6e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  46.7 
 
 
202 aa  149  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  45.81 
 
 
182 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  47.19 
 
 
323 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  47.95 
 
 
192 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  46.96 
 
 
224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  42.22 
 
 
179 aa  139  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  43.02 
 
 
220 aa  137  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  44.69 
 
 
263 aa  134  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  45.51 
 
 
307 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  46.37 
 
 
305 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  46.37 
 
 
305 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  41.94 
 
 
185 aa  131  5e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  43.68 
 
 
184 aa  131  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  41.67 
 
 
183 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  41.44 
 
 
180 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  42.78 
 
 
188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  41.44 
 
 
286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  43.75 
 
 
187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  39.43 
 
 
474 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  40.78 
 
 
179 aa  125  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  39.66 
 
 
185 aa  124  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  44.94 
 
 
184 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  42.93 
 
 
182 aa  121  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3730  cytochrome c, class I  40.33 
 
 
184 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  42.22 
 
 
183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  55.36 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  47.86 
 
 
236 aa  111  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  33.96 
 
 
185 aa  110  8.000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  50 
 
 
296 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  45.61 
 
 
158 aa  106  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  37.43 
 
 
172 aa  104  8e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  38.64 
 
 
212 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  38.01 
 
 
179 aa  102  2e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  46.43 
 
 
209 aa  101  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  34.32 
 
 
173 aa  99.8  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  49 
 
 
104 aa  92  4e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  36.42 
 
 
166 aa  91.3  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  43.93 
 
 
110 aa  90.1  1e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  39.25 
 
 
166 aa  87.8  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  48.42 
 
 
124 aa  87.8  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  40.87 
 
 
169 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  37.2 
 
 
174 aa  86.7  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  45.56 
 
 
132 aa  86.7  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  41.84 
 
 
147 aa  85.9  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  44.07 
 
 
170 aa  84  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  43.62 
 
 
143 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  42.15 
 
 
121 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  40 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  44.76 
 
 
112 aa  82.4  0.000000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  42.15 
 
 
121 aa  82  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  33.58 
 
 
165 aa  82  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  44 
 
 
382 aa  81.3  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  48.42 
 
 
118 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  42.16 
 
 
111 aa  79.7  0.00000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  40.37 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  45.26 
 
 
118 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  38.6 
 
 
224 aa  78.2  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  41.75 
 
 
132 aa  77.8  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  47.19 
 
 
199 aa  77.4  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  36.7 
 
 
235 aa  77  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  40.43 
 
 
144 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  40.43 
 
 
144 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  44.79 
 
 
124 aa  76.3  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  45.26 
 
 
149 aa  75.5  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  35.14 
 
 
175 aa  74.7  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  36.94 
 
 
174 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  36.94 
 
 
174 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  47.67 
 
 
122 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0100  cytochrome c class I  39.25 
 
 
175 aa  73.6  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.102431  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  37.89 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  45.65 
 
 
120 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  45.65 
 
 
120 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  45.65 
 
 
120 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  38.32 
 
 
128 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  37.27 
 
 
132 aa  71.2  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  36.79 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  39.18 
 
 
124 aa  70.5  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  36.36 
 
 
129 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  35.09 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  33.79 
 
 
342 aa  70.5  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  39.77 
 
 
119 aa  70.9  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  39.81 
 
 
129 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  36.36 
 
 
130 aa  70.1  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1020  cytochrome c, class I  39.6 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  40.66 
 
 
123 aa  68.9  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  40.22 
 
 
115 aa  68.6  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  40.19 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  37.08 
 
 
132 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  42.11 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  42.7 
 
 
125 aa  67.8  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  39.25 
 
 
127 aa  67.8  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  35.79 
 
 
140 aa  67  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  37.61 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  39.13 
 
 
133 aa  67.4  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  32.71 
 
 
148 aa  66.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  34.58 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3205  cytochrome c class I  39.05 
 
 
143 aa  67  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.111252 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>