162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2218 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  100 
 
 		 132 aa  269  9e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  39.2 
 
 		 132 aa  91.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 127 aa  91.3  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  45.74 
 
 		 180 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  46.94 
 
 		 199 aa  89.4  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 147 aa  86.3  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  34.02 
 
 		 110 aa  84.7  3e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  43.62 
 
 		 179 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  39.77 
 
 		 183 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  42.31 
 
 		 119 aa  83.6  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  40.62 
 
 		 184 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 185 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  32.77 
 
 		 132 aa  82.4  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  43.75 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  43.3 
 
 		 124 aa  81.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  40.32 
 
 		 149 aa  81.6  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  45 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  45 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  39.45 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  46.15 
 
 		 130 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5293  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 426 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.325519  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  37.61 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  43.16 
 
 		 176 aa  79  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  38.84 
 
 		 120 aa  79.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  32.52 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  37.76 
 
 		 220 aa  78.2  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  34.51 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  34.51 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  37.21 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  37.21 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  33.96 
 
 		 111 aa  77  0.00000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  38.94 
 
 		 323 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  41.49 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  39.51 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  41.35 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  39.42 
 
 		 125 aa  76.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  35.11 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  39.29 
 
 		 175 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  38.89 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  44 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  44.05 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  37.04 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  41.07 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  34.68 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  38.02 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  37.37 
 
 		 296 aa  75.1  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  37.72 
 
 		 263 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  31.25 
 
 		 104 aa  74.7  0.0000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 286 aa  74.3  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  40.86 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  36.43 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3730  cytochrome c, class I  43.53 
 
 		 184 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  38.64 
 
 		 305 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  38.64 
 
 		 305 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  39.33 
 
 		 160 aa  73.2  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  34.78 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  38.2 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  38.53 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  39.36 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  38.27 
 
 		 183 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  39.29 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  37 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  41.24 
 
 		 382 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  41.94 
 
 		 122 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  38.53 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  36.17 
 
 		 165 aa  72  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  39.18 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  40 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  41.12 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  37.17 
 
 		 225 aa  71.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0508  cytochrome c class I  41.05 
 
 		 404 aa  70.9  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.278983 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  40 
 
 		 202 aa  70.9  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  34.58 
 
 		 235 aa  70.9  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  35.87 
 
 		 158 aa  70.5  0.000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  40 
 
 		 192 aa  70.5  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3205  cytochrome c class I  33.85 
 
 		 143 aa  70.5  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.111252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  37.37 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  37.7 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  37.63 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  38.71 
 
 		 118 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 474 aa  69.7  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  39.39 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  30.3 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3100  cytochrome c class I  35.09 
 
 		 429 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00535618  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  32.98 
 
 		 172 aa  68.9  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  38.3 
 
 		 170 aa  68.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  40.48 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0100  cytochrome c class I  39.09 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.102431  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  37.08 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  33.06 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  31 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  35.11 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  31.25 
 
 		 115 aa  67.4  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  29.91 
 
 		 166 aa  67  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3651  cytochrome c, class I  40 
 
 		 158 aa  67  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  35.77 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>