161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3357 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  100 
 
 
179 aa  359  9e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  70.22 
 
 
182 aa  248  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  54.8 
 
 
323 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  51.98 
 
 
305 aa  177  8e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  51.98 
 
 
305 aa  176  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  52.54 
 
 
179 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  50.57 
 
 
307 aa  171  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  53.93 
 
 
180 aa  170  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  45.41 
 
 
202 aa  149  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  45.03 
 
 
220 aa  148  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  45.6 
 
 
286 aa  144  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  46.24 
 
 
192 aa  144  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  44.02 
 
 
183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  41.9 
 
 
184 aa  137  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  43.33 
 
 
224 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  44.62 
 
 
185 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  47.19 
 
 
181 aa  131  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  45.16 
 
 
183 aa  131  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  40.45 
 
 
186 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  38.67 
 
 
179 aa  127  8.000000000000001e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  39.24 
 
 
158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  45.25 
 
 
182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  40.22 
 
 
185 aa  125  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  40.78 
 
 
184 aa  124  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  37.85 
 
 
173 aa  124  1e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  39.2 
 
 
172 aa  122  2e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  41.11 
 
 
184 aa  121  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3730  cytochrome c, class I  42.54 
 
 
184 aa  121  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  39.77 
 
 
212 aa  120  9e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  50.83 
 
 
296 aa  118  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  50.45 
 
 
149 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  37.93 
 
 
474 aa  115  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  38.8 
 
 
236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  41.99 
 
 
187 aa  114  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  41.21 
 
 
188 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  42.61 
 
 
185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  49.17 
 
 
263 aa  108  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  44.83 
 
 
209 aa  104  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  40.12 
 
 
228 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  38.24 
 
 
174 aa  102  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  46.67 
 
 
110 aa  97.4  1e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  43.12 
 
 
236 aa  92.8  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  48.51 
 
 
170 aa  92.4  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  47.5 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  44.64 
 
 
174 aa  88.6  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  44.64 
 
 
174 aa  88.6  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  40.31 
 
 
175 aa  88.2  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  49.41 
 
 
112 aa  87.8  8e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  43.22 
 
 
121 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  37.27 
 
 
165 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  31.95 
 
 
166 aa  86.7  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  39.42 
 
 
166 aa  86.7  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  39.5 
 
 
148 aa  85.9  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  41.04 
 
 
147 aa  85.9  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  39.5 
 
 
148 aa  85.9  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  46.32 
 
 
124 aa  84.7  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  42.37 
 
 
121 aa  84.3  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  40.35 
 
 
224 aa  84.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  35.37 
 
 
329 aa  84.3  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  44.09 
 
 
136 aa  83.6  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  47.41 
 
 
126 aa  83.6  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  37.27 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  43 
 
 
143 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  38.66 
 
 
119 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  43.27 
 
 
144 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  43.27 
 
 
144 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  49.48 
 
 
120 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  43.96 
 
 
199 aa  82  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  39.18 
 
 
124 aa  82  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  40.91 
 
 
225 aa  81.6  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  49.48 
 
 
120 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  44.32 
 
 
104 aa  81.3  0.000000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  48.45 
 
 
120 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  43.14 
 
 
125 aa  79.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  43.18 
 
 
160 aa  79  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  46.59 
 
 
120 aa  79  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  42.11 
 
 
124 aa  78.6  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
127 aa  77.8  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  39.6 
 
 
132 aa  77.8  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  44.9 
 
 
118 aa  77.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  41.58 
 
 
129 aa  77.4  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  38.64 
 
 
121 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  40.22 
 
 
130 aa  76.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  45.74 
 
 
118 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  45.65 
 
 
122 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4131  cytochrome c, class I  40.4 
 
 
146 aa  75.5  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102323  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  37.04 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0100  cytochrome c class I  42.34 
 
 
175 aa  74.3  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.102431  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  40.62 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  36.28 
 
 
224 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  42.72 
 
 
382 aa  73.9  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  42.72 
 
 
132 aa  73.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  38.14 
 
 
131 aa  73.6  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  42.35 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  42.59 
 
 
126 aa  72.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  38.14 
 
 
131 aa  73.6  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  37.63 
 
 
128 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  42.42 
 
 
130 aa  72  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  37.86 
 
 
131 aa  72  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  37.5 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.170551 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>