216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4156 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  100 
 
 		 382 aa  771    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  52.23 
 
 		 342 aa  387  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  60.87 
 
 		 211 aa  245  8e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  57.69 
 
 		 260 aa  230  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  52.79 
 
 		 252 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  53.44 
 
 		 251 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  48.89 
 
 		 225 aa  219  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  51.01 
 
 		 243 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  52.11 
 
 		 242 aa  215  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  50.3 
 
 		 194 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  49.7 
 
 		 194 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  42.55 
 
 		 259 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  43.85 
 
 		 222 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  42.7 
 
 		 185 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  47.8 
 
 		 181 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  46.11 
 
 		 179 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  47.02 
 
 		 174 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  47.02 
 
 		 174 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  45.27 
 
 		 195 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  47.62 
 
 		 174 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  43.2 
 
 		 180 aa  142  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  44.29 
 
 		 200 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  46.1 
 
 		 180 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  39.47 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  63 
 
 		 126 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  36.61 
 
 		 188 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  59.8 
 
 		 144 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  59.8 
 
 		 144 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  44.37 
 
 		 180 aa  126  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  58 
 
 		 143 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  34.08 
 
 		 348 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  36.41 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  32.45 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  40.12 
 
 		 171 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  58.33 
 
 		 136 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  38.26 
 
 		 200 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  38.71 
 
 		 186 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  37.91 
 
 		 209 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  36.95 
 
 		 404 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  33.98 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 344 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  35.22 
 
 		 206 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  38.89 
 
 		 202 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  49.19 
 
 		 202 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  49.19 
 
 		 192 aa  110  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  32.22 
 
 		 188 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  37.33 
 
 		 182 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  37.33 
 
 		 182 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  50 
 
 		 132 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  36.96 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  48.39 
 
 		 224 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  42.86 
 
 		 235 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  52.63 
 
 		 176 aa  107  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  52.48 
 
 		 132 aa  106  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  35.83 
 
 		 344 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  32.79 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  55.45 
 
 		 132 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  41.54 
 
 		 148 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  41.54 
 
 		 148 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  41.74 
 
 		 236 aa  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  52.53 
 
 		 118 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  49.07 
 
 		 175 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  53.61 
 
 		 118 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  50.51 
 
 		 174 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  44.88 
 
 		 132 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  50.51 
 
 		 174 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  46.22 
 
 		 147 aa  100  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  42.2 
 
 		 131 aa  99.4  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  52.08 
 
 		 132 aa  99.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  42.2 
 
 		 131 aa  99.4  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  47.79 
 
 		 130 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  30.32 
 
 		 239 aa  98.6  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  45.63 
 
 		 133 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  47.06 
 
 		 128 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  45.67 
 
 		 121 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  46.08 
 
 		 130 aa  95.1  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  51.55 
 
 		 263 aa  94.4  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  45.83 
 
 		 133 aa  94.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  30.99 
 
 		 187 aa  94.4  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  46.6 
 
 		 286 aa  94  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  46.94 
 
 		 104 aa  93.6  5e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  39.34 
 
 		 129 aa  92.8  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  38.82 
 
 		 212 aa  92.8  8e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  42 
 
 		 115 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  48 
 
 		 174 aa  92.4  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  47.06 
 
 		 122 aa  92  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  46.53 
 
 		 129 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  46.08 
 
 		 179 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  44.63 
 
 		 121 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  43.88 
 
 		 170 aa  90.5  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0475  cytochrome c class I  43.36 
 
 		 133 aa  90.5  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  48.57 
 
 		 323 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  40.44 
 
 		 133 aa  89.4  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  42.59 
 
 		 111 aa  89  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  41.04 
 
 		 149 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  43.27 
 
 		 228 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  47.06 
 
 		 180 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  42.74 
 
 		 199 aa  87.8  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 147 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  37.93 
 
 		 165 aa  87  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>