58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4367 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  100 
 
 
243 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  85.6 
 
 
242 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  73.31 
 
 
251 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  59.39 
 
 
225 aa  260  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  56.02 
 
 
260 aa  248  8e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  58.55 
 
 
252 aa  247  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  54.89 
 
 
211 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  52.11 
 
 
382 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  49.05 
 
 
342 aa  209  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  53.89 
 
 
222 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  51.33 
 
 
194 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  44.74 
 
 
259 aa  162  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  51.33 
 
 
194 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  41.59 
 
 
382 aa  159  3e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  50.33 
 
 
179 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  53.15 
 
 
181 aa  150  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  47.97 
 
 
195 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  47.02 
 
 
185 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  50 
 
 
174 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  50 
 
 
174 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  49.65 
 
 
200 aa  139  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  49.65 
 
 
180 aa  138  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  52.52 
 
 
174 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  43.12 
 
 
348 aa  134  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  47.1 
 
 
180 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  42.25 
 
 
200 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  47.55 
 
 
180 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  38.97 
 
 
404 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  48.05 
 
 
171 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  38.02 
 
 
344 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  40.11 
 
 
344 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  45.57 
 
 
209 aa  125  8.000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  39.8 
 
 
355 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  40.22 
 
 
346 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  37.88 
 
 
355 aa  122  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  42.58 
 
 
188 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  38.59 
 
 
344 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  39.51 
 
 
206 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  41.61 
 
 
202 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  39.62 
 
 
186 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  40.83 
 
 
182 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  40.83 
 
 
182 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  40 
 
 
188 aa  104  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  30.33 
 
 
239 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  38.75 
 
 
187 aa  99.8  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  31.58 
 
 
331 aa  81.6  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  31.67 
 
 
372 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  31.39 
 
 
331 aa  47.8  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  30.39 
 
 
363 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  32.17 
 
 
327 aa  47  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  31.25 
 
 
327 aa  47  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  27.61 
 
 
304 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  29.41 
 
 
304 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  29.41 
 
 
304 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  27.48 
 
 
304 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  28.91 
 
 
310 aa  42.7  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  31.75 
 
 
220 aa  42.4  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>