61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3340 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  100 
 
 
194 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  97.42 
 
 
194 aa  345  2e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  60.12 
 
 
179 aa  215  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  68.05 
 
 
180 aa  215  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  64.74 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  64.63 
 
 
195 aa  207  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  65.99 
 
 
180 aa  207  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  63.27 
 
 
200 aa  201  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  67.11 
 
 
174 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  67.11 
 
 
174 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  62.16 
 
 
181 aa  197  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  66.9 
 
 
174 aa  193  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  51.19 
 
 
225 aa  180  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  55.33 
 
 
251 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  57.82 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  49.44 
 
 
342 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  55.56 
 
 
252 aa  171  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  48.28 
 
 
382 aa  171  5.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  56.29 
 
 
259 aa  170  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  57.04 
 
 
180 aa  169  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  52.67 
 
 
242 aa  167  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  50.62 
 
 
243 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  55.92 
 
 
222 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  53.06 
 
 
211 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  49.08 
 
 
171 aa  160  9e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  44.51 
 
 
188 aa  153  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  46.71 
 
 
206 aa  148  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  47.68 
 
 
200 aa  142  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  57.05 
 
 
202 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  45.16 
 
 
186 aa  137  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  44.65 
 
 
188 aa  135  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  48.41 
 
 
344 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  41.4 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  41.67 
 
 
382 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  40.45 
 
 
348 aa  128  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  47.44 
 
 
346 aa  128  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  44.3 
 
 
404 aa  127  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  41.57 
 
 
355 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  43.51 
 
 
187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  42.68 
 
 
360 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  46.1 
 
 
344 aa  123  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  40.76 
 
 
344 aa  121  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  42.76 
 
 
182 aa  121  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  42.76 
 
 
182 aa  121  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  42.5 
 
 
355 aa  119  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  35.8 
 
 
239 aa  95.1  6e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  35.26 
 
 
331 aa  92  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2891  cytochrome c, class I  34.48 
 
 
201 aa  51.6  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2798  cytochrome c, class I  34.52 
 
 
410 aa  47.4  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.228923  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7193  cytochrome c class I  32.38 
 
 
409 aa  43.9  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  0.500209 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  29.25 
 
 
327 aa  44.3  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  31.33 
 
 
327 aa  44.7  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1569  cytochrome c, class I  28.16 
 
 
141 aa  43.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.832933  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  37.08 
 
 
294 aa  42.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  28.87 
 
 
678 aa  43.1  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  33.72 
 
 
329 aa  42.4  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  31.91 
 
 
291 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5154  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
401 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3241  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
415 aa  41.2  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0294244  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5127  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
415 aa  41.2  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600349  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3472  hypothetical protein  27.36 
 
 
131 aa  41.2  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>