107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1895 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  100 
 
 		 181 aa  367  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  66 
 
 		 185 aa  207  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  64.29 
 
 		 195 aa  202  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  66.27 
 
 		 174 aa  202  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  66.27 
 
 		 174 aa  202  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  62.84 
 
 		 194 aa  202  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  63.09 
 
 		 180 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  62.16 
 
 		 194 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  66.67 
 
 		 200 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  70.63 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  61.74 
 
 		 179 aa  194  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  60.81 
 
 		 180 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  50 
 
 		 252 aa  168  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  53.12 
 
 		 225 aa  165  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  49.04 
 
 		 260 aa  164  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  52.8 
 
 		 188 aa  160  7e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  50.31 
 
 		 342 aa  160  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  55.7 
 
 		 259 aa  160  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  51.61 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  51.33 
 
 		 171 aa  160  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  51.41 
 
 		 180 aa  156  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  53.38 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  51.06 
 
 		 211 aa  155  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  47.8 
 
 		 382 aa  154  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  53.15 
 
 		 243 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  51.66 
 
 		 200 aa  149  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  51.75 
 
 		 242 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  52.15 
 
 		 188 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  44.52 
 
 		 209 aa  146  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  43.18 
 
 		 206 aa  140  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  48.34 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  47.92 
 
 		 187 aa  134  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  44.65 
 
 		 382 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  44.51 
 
 		 344 aa  131  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  44.08 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  44.08 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  40.76 
 
 		 348 aa  128  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  50.35 
 
 		 202 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  47.1 
 
 		 344 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  44.97 
 
 		 355 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  45.75 
 
 		 344 aa  122  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  44.81 
 
 		 346 aa  121  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  40 
 
 		 360 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  44.1 
 
 		 355 aa  118  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  40.96 
 
 		 404 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  36.17 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  38.35 
 
 		 331 aa  84.3  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  38.38 
 
 		 678 aa  56.6  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2891  cytochrome c, class I  36.26 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1569  cytochrome c, class I  35.24 
 
 		 141 aa  53.9  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.832933  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7193  cytochrome c class I  27.83 
 
 		 409 aa  51.6  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  0.500209 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  32.93 
 
 		 347 aa  50.4  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.63 
 
 		 349 aa  50.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  32.93 
 
 		 347 aa  50.4  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  32.93 
 
 		 347 aa  50.4  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1739  cytochrome c, class I  38.1 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.3 
 
 		 313 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.3 
 
 		 313 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3640  cytochrome c class I  32.69 
 
 		 417 aa  47.8  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102782  normal  0.70332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.55 
 
 		 325 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.55 
 
 		 313 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.3 
 
 		 325 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3576  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.79 
 
 		 326 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.55 
 
 		 325 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  29.79 
 
 		 327 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 304 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.55 
 
 		 313 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0307  putative cytochrome c  26.56 
 
 		 410 aa  45.1  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0124667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  25.9 
 
 		 269 aa  45.1  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 304 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 304 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.92 
 
 		 308 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5154  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 401 aa  44.7  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 285 aa  43.5  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3241  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 415 aa  43.9  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0294244  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5127  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 415 aa  43.9  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3662  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.61 
 
 		 294 aa  43.9  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.839971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  34.95 
 
 		 308 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  32.52 
 
 		 304 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  28.92 
 
 		 189 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3854  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.98 
 
 		 292 aa  42.7  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6161  cytochrome c, class I  28.87 
 
 		 424 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.969705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.38 
 
 		 318 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.69 
 
 		 308 aa  42.7  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  32.38 
 
 		 318 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5894  cytochrome c class I  28.28 
 
 		 421 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2096  cytochrome c oxidase cbb3-type subunit III  52.5 
 
 		 287 aa  42.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.04303  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 432 aa  42  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  33.33 
 
 		 432 aa  42  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 432 aa  42  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 432 aa  42  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 432 aa  42  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 432 aa  42  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 432 aa  42  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  28.83 
 
 		 291 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5973  cytochrome c class I  26.47 
 
 		 412 aa  42  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0365316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2739  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 218 aa  41.6  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.437808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0693  Cbb3-type cytochrome c oxidase CcoP subunit  33.72 
 
 		 290 aa  41.6  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.66 
 
 		 298 aa  41.6  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2348  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.72 
 
 		 290 aa  41.6  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.765339  normal  0.386471 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>