200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0698 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  100 
 
 
189 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6353  cytochrome c class I  48.81 
 
 
185 aa  155  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.708608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2992  cytochrome c class I  49.34 
 
 
187 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169382  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2346  cytochrome c class I  48.03 
 
 
187 aa  149  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0097  cytochrome c class I  46.75 
 
 
187 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.340864  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1450  cytochrome c, class I  45.81 
 
 
169 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5245  cytochrome c class I  37.27 
 
 
197 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.330524  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5825  hypothetical protein  41.88 
 
 
200 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0683  cytochrome c class I  41.76 
 
 
381 aa  68.2  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3385  cytochrome c class I  39.45 
 
 
147 aa  68.2  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  44.3 
 
 
311 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0990  cytochrome c, class I  32.69 
 
 
159 aa  65.1  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  47.14 
 
 
296 aa  65.1  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0341  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  35.83 
 
 
306 aa  63.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0261936 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  31.72 
 
 
143 aa  63.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  30.2 
 
 
146 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  42.68 
 
 
324 aa  63.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2077  cytochrome c class I  35.71 
 
 
153 aa  62.8  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.7 
 
 
298 aa  62.8  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  44.16 
 
 
163 aa  62.8  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  35.71 
 
 
269 aa  62.8  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  35.71 
 
 
152 aa  62.4  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.41 
 
 
723 aa  62.4  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  39.77 
 
 
324 aa  62  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  43.04 
 
 
324 aa  61.2  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  41.56 
 
 
163 aa  60.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.56 
 
 
307 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  44.93 
 
 
296 aa  60.1  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  44.05 
 
 
304 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.57 
 
 
293 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.38 
 
 
298 aa  59.7  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  40.26 
 
 
326 aa  58.9  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0716  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  42.5 
 
 
299 aa  58.9  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000848569  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.43 
 
 
382 aa  58.9  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  44.62 
 
 
530 aa  58.9  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  35.58 
 
 
374 aa  58.9  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.26 
 
 
307 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  27.54 
 
 
326 aa  58.2  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  38.46 
 
 
110 aa  58.2  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.26 
 
 
293 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  37.66 
 
 
153 aa  57.8  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3662  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.82 
 
 
294 aa  56.6  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.839971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0462  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.48 
 
 
294 aa  56.6  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.528353  normal  0.120204 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.03 
 
 
306 aa  56.6  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1963  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.93 
 
 
299 aa  55.8  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2114  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.26 
 
 
293 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5233  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.26 
 
 
293 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.558245  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1172  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  34.91 
 
 
339 aa  55.8  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  34.35 
 
 
304 aa  55.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  36.9 
 
 
286 aa  55.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.05 
 
 
321 aa  55.5  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  40.62 
 
 
485 aa  55.5  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1333  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  34.91 
 
 
339 aa  55.5  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6265  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.67 
 
 
289 aa  55.1  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.142904 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5932  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.67 
 
 
289 aa  55.1  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal  0.495001 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1231  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  34.91 
 
 
339 aa  55.1  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  40 
 
 
154 aa  55.1  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  35.63 
 
 
313 aa  54.7  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2997  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  38.1 
 
 
307 aa  53.9  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.57 
 
 
296 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.44 
 
 
349 aa  54.3  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4079  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.91 
 
 
196 aa  53.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.254828  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  36.84 
 
 
330 aa  53.5  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5322  cytochrome c class I  37.5 
 
 
346 aa  53.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0021785  normal  0.0885214 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  39.74 
 
 
318 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.24 
 
 
293 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.74 
 
 
318 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.46 
 
 
308 aa  52.8  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.79 
 
 
332 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  44.44 
 
 
323 aa  52  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  39.51 
 
 
154 aa  52  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1879  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.03 
 
 
300 aa  52  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1673  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.59 
 
 
307 aa  52  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.528501  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.46 
 
 
312 aa  51.6  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02058  Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.73 
 
 
113 aa  51.6  0.000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00379379  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1827  cytochrome c, class I  33.72 
 
 
159 aa  51.2  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  40 
 
 
308 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2486  cytochrome c class I  30.08 
 
 
266 aa  51.2  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.148102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40 
 
 
308 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  34.52 
 
 
286 aa  51.2  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  30.23 
 
 
290 aa  51.2  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  35.21 
 
 
285 aa  50.4  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2355  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.05 
 
 
304 aa  51.2  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.347171  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  34.04 
 
 
476 aa  50.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0161  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.24 
 
 
307 aa  50.1  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.822245 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2096  cytochrome c oxidase cbb3-type subunit III  33.33 
 
 
287 aa  50.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.04303  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0693  Cbb3-type cytochrome c oxidase CcoP subunit  34.04 
 
 
290 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.94 
 
 
293 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1219  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  30.93 
 
 
343 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.983776  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.05 
 
 
313 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.18 
 
 
322 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.18 
 
 
325 aa  50.1  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  43.75 
 
 
318 aa  50.1  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2348  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.04 
 
 
290 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.765339  normal  0.386471 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0537  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.29 
 
 
292 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.931468  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40 
 
 
308 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  41.03 
 
 
304 aa  49.3  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0664  cytochrome c oxidase  36.67 
 
 
287 aa  49.3  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.18 
 
 
322 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.18 
 
 
322 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>