37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6161 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5894  cytochrome c class I  96.93 
 
 		 421 aa  802    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6161  cytochrome c, class I  100 
 
 		 424 aa  850    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.969705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5973  cytochrome c class I  77.95 
 
 		 412 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0365316 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5154  extracellular solute-binding protein  61.93 
 
 		 401 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3241  extracellular solute-binding protein  61.2 
 
 		 415 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0294244  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5127  extracellular solute-binding protein  61.2 
 
 		 415 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7193  cytochrome c class I  58.84 
 
 		 409 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  0.500209 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0307  putative cytochrome c  55.64 
 
 		 410 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0124667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3640  cytochrome c class I  30.41 
 
 		 417 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102782  normal  0.70332 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1739  cytochrome c, class I  44.34 
 
 		 146 aa  93.2  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2798  cytochrome c, class I  46.15 
 
 		 410 aa  90.5  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.228923  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  34.38 
 
 		 678 aa  73.6  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2891  cytochrome c, class I  42.5 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1569  cytochrome c, class I  38.78 
 
 		 141 aa  69.3  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.832933  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3472  hypothetical protein  34.95 
 
 		 131 aa  64.3  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2838  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.96 
 
 		 126 aa  57.8  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.158282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  32.14 
 
 		 200 aa  50.4  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  33.91 
 
 		 209 aa  50.4  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  34.19 
 
 		 171 aa  47.4  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  31.46 
 
 		 185 aa  47  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  33.68 
 
 		 293 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  33.33 
 
 		 291 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  27.68 
 
 		 346 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  26.79 
 
 		 344 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  26.79 
 
 		 344 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  30.91 
 
 		 195 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  35 
 
 		 139 aa  44.3  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  36.04 
 
 		 180 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.33 
 
 		 270 aa  43.9  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  36.59 
 
 		 272 aa  43.9  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  27.83 
 
 		 188 aa  43.9  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  40.43 
 
 		 503 aa  43.9  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1441  Pyrrolo-quinoline quinone  32.1 
 
 		 708 aa  43.9  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  31.91 
 
 		 252 aa  43.9  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  26.47 
 
 		 188 aa  43.9  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  28.43 
 
 		 181 aa  43.5  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  30.39 
 
 		 179 aa  43.1  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>