More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1441 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1441  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
708 aa  1424    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0121309 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2890  Pyrrolo-quinoline quinone  32.26 
 
 
583 aa  277  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.612512  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  33.39 
 
 
580 aa  247  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  30.9 
 
 
678 aa  240  5.999999999999999e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  29.96 
 
 
705 aa  231  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  32.5 
 
 
572 aa  229  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0851  Pyrrolo-quinoline quinone  31.37 
 
 
558 aa  213  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2605  Pyrrolo-quinoline quinone  31.01 
 
 
563 aa  211  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308464  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  31.49 
 
 
570 aa  210  7e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  29.39 
 
 
584 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  29.22 
 
 
584 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  31.55 
 
 
711 aa  207  5e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4951  Pyrrolo-quinoline quinone  31.63 
 
 
577 aa  206  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.97328 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  29.83 
 
 
580 aa  204  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1595  putative alcohol dehydrogenase  31.97 
 
 
561 aa  204  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  31.59 
 
 
562 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  30.33 
 
 
588 aa  203  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.63 
 
 
579 aa  201  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3733  Pyrrolo-quinoline quinone  30.07 
 
 
562 aa  197  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  29.47 
 
 
593 aa  195  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  28.29 
 
 
738 aa  194  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.31 
 
 
707 aa  193  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  28.76 
 
 
737 aa  193  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  29.21 
 
 
554 aa  192  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  29.6 
 
 
579 aa  191  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.69 
 
 
587 aa  191  5e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  29.69 
 
 
583 aa  191  5e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.69 
 
 
587 aa  191  5e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  29.87 
 
 
587 aa  191  5.999999999999999e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  28.18 
 
 
730 aa  189  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.04 
 
 
566 aa  187  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  30.51 
 
 
575 aa  187  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3660  putative alcohol dehydrogenase  30.7 
 
 
555 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.77 
 
 
575 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  28.2 
 
 
589 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  27.42 
 
 
631 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  30.05 
 
 
718 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  27.42 
 
 
631 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.59 
 
 
575 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  29.34 
 
 
726 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  30.59 
 
 
575 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  28.39 
 
 
587 aa  183  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1570  Pyrrolo-quinoline quinone  30.63 
 
 
568 aa  183  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0635613  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.04 
 
 
576 aa  182  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.24 
 
 
631 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  27.96 
 
 
620 aa  182  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  29.07 
 
 
602 aa  181  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  29.15 
 
 
718 aa  181  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  28.18 
 
 
724 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  28.75 
 
 
623 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  28.55 
 
 
595 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  28.57 
 
 
623 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  30.47 
 
 
698 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  27.42 
 
 
587 aa  178  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  28.49 
 
 
706 aa  177  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  28.18 
 
 
595 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  27.91 
 
 
721 aa  176  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  28.18 
 
 
595 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  29.36 
 
 
613 aa  176  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  30.4 
 
 
702 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4160  Pyrrolo-quinoline quinone  30.27 
 
 
690 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0349949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  27.54 
 
 
580 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  28.88 
 
 
577 aa  174  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.84 
 
 
582 aa  174  6.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  28.65 
 
 
697 aa  174  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  27.37 
 
 
597 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  28.22 
 
 
709 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.81 
 
 
575 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  29.72 
 
 
726 aa  173  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5419  Pyrrolo-quinoline quinone  29.54 
 
 
576 aa  172  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  27.93 
 
 
712 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.92 
 
 
573 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0849  Pyrrolo-quinoline quinone  29.15 
 
 
528 aa  171  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  27.53 
 
 
592 aa  170  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  27.92 
 
 
573 aa  170  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  27.92 
 
 
573 aa  170  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  28.65 
 
 
549 aa  169  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  27.26 
 
 
591 aa  169  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  28.83 
 
 
602 aa  169  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  26.14 
 
 
588 aa  168  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  28.3 
 
 
604 aa  167  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  29.68 
 
 
720 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  27.13 
 
 
618 aa  162  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  27.04 
 
 
616 aa  160  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0969  Pyrrolo-quinoline quinone  26.64 
 
 
541 aa  159  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.870363  normal  0.326123 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  28.73 
 
 
629 aa  158  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2878  Pyrrolo-quinoline quinone  29.16 
 
 
727 aa  158  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  28.62 
 
 
727 aa  158  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2314  Pyrrolo-quinoline quinone  25.38 
 
 
625 aa  155  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000100555  unclonable  0.000000320672 
 
 
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  26.11 
 
 
601 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4984  Pyrrolo-quinoline quinone  27.99 
 
 
612 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.257884 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1201  Pyrrolo-quinoline quinone  27.99 
 
 
545 aa  152  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.817213  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4210  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.49 
 
 
627 aa  152  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719388  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  26.06 
 
 
601 aa  151  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  25.97 
 
 
615 aa  150  5e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4524  Pyrrolo-quinoline quinone  27.64 
 
 
612 aa  150  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223128 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2326  putative quinoprotein  27.87 
 
 
525 aa  150  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.55919  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  26.48 
 
 
601 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0344  Pyrrolo-quinoline quinone  25.21 
 
 
623 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.122301  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5037  Pyrrolo-quinoline quinone  27.32 
 
 
613 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>