60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4956 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  100 
 
 		 251 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  78.88 
 
 		 242 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  86.07 
 
 		 243 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  58.65 
 
 		 252 aa  263  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  59.39 
 
 		 225 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  60.75 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  55.38 
 
 		 211 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  53.16 
 
 		 382 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  51.52 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  54.43 
 
 		 194 aa  180  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  54.43 
 
 		 194 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  54.43 
 
 		 222 aa  175  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  45.41 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  41.92 
 
 		 382 aa  160  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  52.32 
 
 		 179 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  47.83 
 
 		 185 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  54.55 
 
 		 181 aa  158  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  49.66 
 
 		 200 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  46.91 
 
 		 195 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  51.33 
 
 		 174 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  51.33 
 
 		 174 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  47.3 
 
 		 180 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  48.39 
 
 		 180 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  50.65 
 
 		 171 aa  145  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  50.35 
 
 		 180 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  52.52 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  47.8 
 
 		 200 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  40.41 
 
 		 344 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  37.88 
 
 		 355 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  40.76 
 
 		 346 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 344 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 348 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  39.04 
 
 		 360 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  38.83 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  37.89 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 188 aa  125  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  39.43 
 
 		 206 aa  125  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  43.67 
 
 		 186 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  37.31 
 
 		 404 aa  123  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  38.34 
 
 		 355 aa  121  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  41.42 
 
 		 182 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  41.42 
 
 		 182 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  45.06 
 
 		 202 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  39.76 
 
 		 187 aa  115  6.9999999999999995e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  38.61 
 
 		 188 aa  109  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  33.16 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  33.51 
 
 		 331 aa  94.4  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  30.36 
 
 		 327 aa  47  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  29.93 
 
 		 331 aa  46.2  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 327 aa  44.7  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  35.38 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  27.12 
 
 		 304 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  27.12 
 
 		 304 aa  42.7  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  35.96 
 
 		 643 aa  42.7  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  27.81 
 
 		 310 aa  43.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  27.12 
 
 		 304 aa  42.7  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  27.12 
 
 		 304 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3472  hypothetical protein  35.23 
 
 		 131 aa  42.4  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  34.57 
 
 		 154 aa  42  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  25.55 
 
 		 329 aa  42  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>