161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3426 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  100 
 
 		 263 aa  511  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  66.12 
 
 		 188 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  63.39 
 
 		 185 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  63.3 
 
 		 187 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  57.63 
 
 		 286 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  55.66 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  57.3 
 
 		 202 aa  188  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  58.38 
 
 		 192 aa  186  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  45.25 
 
 		 184 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  43.89 
 
 		 183 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  46.89 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  45 
 
 		 179 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 180 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  46.99 
 
 		 184 aa  136  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  44.26 
 
 		 323 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  40.96 
 
 		 185 aa  135  9e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  39.64 
 
 		 220 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  44.69 
 
 		 184 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3730  cytochrome c, class I  44.2 
 
 		 184 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  43.68 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  43.68 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  40.11 
 
 		 236 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  42.78 
 
 		 183 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  40.88 
 
 		 182 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  40.76 
 
 		 186 aa  123  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  41.21 
 
 		 209 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  43.33 
 
 		 182 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  40.11 
 
 		 212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  35.11 
 
 		 179 aa  113  3e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 474 aa  112  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  34.09 
 
 		 185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  48.45 
 
 		 181 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  39.02 
 
 		 158 aa  107  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  35.47 
 
 		 173 aa  107  3e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  49.17 
 
 		 179 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  45.45 
 
 		 296 aa  102  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  36.05 
 
 		 172 aa  102  5e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  44 
 
 		 149 aa  102  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  46.28 
 
 		 143 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  45.95 
 
 		 147 aa  99.4  6e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  41.07 
 
 		 228 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  45.13 
 
 		 132 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  48.08 
 
 		 129 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  41.24 
 
 		 176 aa  95.9  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  48.08 
 
 		 129 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  47.75 
 
 		 112 aa  95.1  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  47.57 
 
 		 111 aa  93.2  4e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  36.31 
 
 		 175 aa  93.2  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  44.76 
 
 		 144 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  44.76 
 
 		 144 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  37.8 
 
 		 166 aa  92  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  51.55 
 
 		 382 aa  92  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  38.05 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  41.35 
 
 		 132 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  45 
 
 		 104 aa  90.9  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  38.18 
 
 		 166 aa  91.3  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 130 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  35.76 
 
 		 174 aa  86.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  44.33 
 
 		 110 aa  86.3  4e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  39.81 
 
 		 130 aa  85.1  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  39.26 
 
 		 174 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  39.26 
 
 		 174 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  41.84 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  46.43 
 
 		 133 aa  83.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  43.01 
 
 		 136 aa  82  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 170 aa  81.3  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  40.38 
 
 		 125 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  36.94 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  36.94 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  37.04 
 
 		 165 aa  80.1  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  41.44 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  42.45 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 169 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  38.32 
 
 		 127 aa  78.2  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  40.54 
 
 		 130 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 149 aa  76.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  43.14 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  35.04 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  41.58 
 
 		 118 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3475  cytochrome c, class I  40 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.234706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4131  cytochrome c, class I  38 
 
 		 146 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  36.27 
 
 		 124 aa  73.6  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 121 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  37.72 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  37.07 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  31.62 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  35.58 
 
 		 140 aa  72.4  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  36.79 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  31.62 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  38.38 
 
 		 113 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  38 
 
 		 126 aa  71.6  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  37.38 
 
 		 131 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  35.51 
 
 		 199 aa  71.6  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  34.17 
 
 		 133 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5293  cytochrome c class I  31.93 
 
 		 426 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.325519  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  37.25 
 
 		 119 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  41.24 
 
 		 118 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  34.91 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  36.56 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  35.4 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>