164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3169 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  100 
 
 		 126 aa  256  6e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  63 
 
 		 382 aa  136  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  51.2 
 
 		 144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  51.2 
 
 		 144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  52.83 
 
 		 342 aa  122  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  50.43 
 
 		 132 aa  117  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  50 
 
 		 136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  46.92 
 
 		 132 aa  111  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  48.57 
 
 		 130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  42.86 
 
 		 131 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  44.55 
 
 		 235 aa  108  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 131 aa  108  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  47.96 
 
 		 143 aa  107  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  43.48 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3443  cytochrome c, class I  41.01 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.719104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  41.09 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  40.62 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  45.45 
 
 		 115 aa  101  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  42.4 
 
 		 129 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  38.4 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  38.4 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  46.73 
 
 		 175 aa  98.2  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  41.27 
 
 		 132 aa  97.1  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  45.26 
 
 		 133 aa  96.3  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  44.86 
 
 		 132 aa  96.7  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0475  cytochrome c class I  39.2 
 
 		 133 aa  96.3  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  38.71 
 
 		 130 aa  95.9  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  43.69 
 
 		 202 aa  95.1  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  50.49 
 
 		 176 aa  95.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  43.69 
 
 		 192 aa  95.1  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  40.5 
 
 		 144 aa  93.2  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  44.86 
 
 		 122 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  43.69 
 
 		 212 aa  91.3  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  39.02 
 
 		 133 aa  91.3  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3547  cytochrome c2  42.22 
 
 		 146 aa  91.7  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.421654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  42.72 
 
 		 118 aa  91.7  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  43.43 
 
 		 174 aa  88.6  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  48.51 
 
 		 132 aa  89  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  43.43 
 
 		 174 aa  88.6  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  41.6 
 
 		 121 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0296  cytochrome c2  41.03 
 
 		 145 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.109332  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1940  cytochrome c, class I  41.03 
 
 		 145 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  41.75 
 
 		 224 aa  87.4  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 118 aa  87  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  42.06 
 
 		 286 aa  87  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  40.17 
 
 		 165 aa  86.3  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  39.42 
 
 		 236 aa  86.3  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  38.98 
 
 		 166 aa  85.5  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  39.68 
 
 		 121 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  41.51 
 
 		 174 aa  85.1  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  44.23 
 
 		 209 aa  84.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  44.9 
 
 		 120 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  43.88 
 
 		 120 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  42.45 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  39.6 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 130 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  40.38 
 
 		 185 aa  82  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  34.29 
 
 		 129 aa  82.4  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  43.88 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  37.74 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  45.54 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  42.59 
 
 		 149 aa  80.9  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  36.29 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  38.61 
 
 		 111 aa  80.5  0.000000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  34.62 
 
 		 154 aa  80.5  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1020  cytochrome c, class I  41.35 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  41.05 
 
 		 147 aa  79.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  39 
 
 		 104 aa  79.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  34.68 
 
 		 185 aa  79.3  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0998  cytochrome c, class I  40.34 
 
 		 155 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  38.02 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  37.61 
 
 		 263 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  36.11 
 
 		 172 aa  77.4  0.00000000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  39.05 
 
 		 166 aa  77.4  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  36.61 
 
 		 228 aa  77.4  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  40.21 
 
 		 185 aa  77  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  40.35 
 
 		 224 aa  77  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  36.19 
 
 		 122 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  34.55 
 
 		 110 aa  77  0.00000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  33.57 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  37.4 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  37.62 
 
 		 122 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  38.28 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0148  cytochrome c, class I  38.33 
 
 		 148 aa  75.1  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  39.81 
 
 		 323 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  35.71 
 
 		 121 aa  75.1  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  37.89 
 
 		 140 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  39.42 
 
 		 149 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1937  cytochrome c, class I  40.6 
 
 		 155 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00818219 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  35.04 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 182 aa  73.9  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  38.83 
 
 		 180 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  37.11 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  33.08 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4131  cytochrome c, class I  35 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  35 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  33.81 
 
 		 139 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  37.19 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  36.19 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  35.24 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>