170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1020 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1020  cytochrome c, class I  100 
 
 		 135 aa  270  5.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0296  cytochrome c2  45.38 
 
 		 145 aa  94  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.109332  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1940  cytochrome c, class I  45.38 
 
 		 145 aa  94  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  42.19 
 
 		 132 aa  93.6  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  44.35 
 
 		 132 aa  93.2  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1937  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 155 aa  89.4  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00818219 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  44.04 
 
 		 126 aa  88.6  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  41.38 
 
 		 286 aa  88.2  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0998  cytochrome c, class I  41.18 
 
 		 155 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  37.41 
 
 		 147 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3547  cytochrome c2  36.13 
 
 		 146 aa  84.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.421654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3553  cytochrome c, class I  42.48 
 
 		 135 aa  84.3  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  36.52 
 
 		 173 aa  84.3  5e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  41.23 
 
 		 179 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  36.43 
 
 		 144 aa  84  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  44.83 
 
 		 122 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  35.59 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  40.35 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3742  cytochrome c, class I  41.54 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443469  hitchhiker  0.000332538 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  36.44 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  40.17 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  43.48 
 
 		 296 aa  82  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0148  cytochrome c, class I  31.93 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  40.77 
 
 		 130 aa  82  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  40.17 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 307 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  36.52 
 
 		 220 aa  80.5  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  40.35 
 
 		 323 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3987  cytochrome c, class I  39.16 
 
 		 139 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855884  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  42.75 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  37.19 
 
 		 185 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  38.64 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  38.64 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  38.05 
 
 		 185 aa  78.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 305 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3443  cytochrome c, class I  39.5 
 
 		 155 aa  78.2  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.719104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 305 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 224 aa  77.4  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  43.09 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  37.39 
 
 		 175 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 179 aa  77  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  37.5 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  41.41 
 
 		 129 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  37.76 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  34.15 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  36.79 
 
 		 342 aa  75.5  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  40.74 
 
 		 382 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  39.66 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  41.28 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  40.52 
 
 		 184 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  35.61 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  39.23 
 
 		 132 aa  73.6  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  41.74 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  45.68 
 
 		 147 aa  72.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  37.07 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  42.61 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  38.32 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  35.4 
 
 		 212 aa  72  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 228 aa  71.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  35.85 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  37.37 
 
 		 104 aa  70.9  0.000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 176 aa  70.5  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  38.32 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  32.46 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  38.32 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  38.18 
 
 		 165 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  35.71 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  36.54 
 
 		 184 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  37.27 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  37.82 
 
 		 224 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  38.05 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  33.33 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  34.81 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  36.79 
 
 		 115 aa  66.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  27.42 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  42.06 
 
 		 120 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  36.52 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  31.96 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  33.91 
 
 		 474 aa  65.1  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  32.41 
 
 		 122 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  42.06 
 
 		 120 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  41.12 
 
 		 120 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  34.38 
 
 		 199 aa  64.3  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  31.34 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  34.95 
 
 		 183 aa  63.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  31.34 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  39.18 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  38.1 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0488  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131648  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>