164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0525 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  100 
 
 
175 aa  350  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  83.43 
 
 
174 aa  268  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  83.43 
 
 
174 aa  268  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  55.31 
 
 
176 aa  179  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  51.41 
 
 
174 aa  177  5.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  51.45 
 
 
166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  45.76 
 
 
170 aa  142  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  39.77 
 
 
184 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  41.52 
 
 
188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  42.75 
 
 
202 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  42.75 
 
 
192 aa  108  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  48.62 
 
 
185 aa  107  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  38.64 
 
 
220 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  42.22 
 
 
224 aa  106  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  47.79 
 
 
296 aa  104  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  43.75 
 
 
212 aa  104  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  38.2 
 
 
179 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  34.66 
 
 
286 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  49.5 
 
 
382 aa  102  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  48.96 
 
 
136 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  46.08 
 
 
144 aa  101  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  46.08 
 
 
144 aa  101  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  39.77 
 
 
187 aa  99.4  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  47.57 
 
 
126 aa  97.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  46.79 
 
 
209 aa  97.1  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  41.67 
 
 
132 aa  95.9  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  41.41 
 
 
235 aa  95.1  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  41.28 
 
 
263 aa  92  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  29.63 
 
 
185 aa  90.9  8e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  39.81 
 
 
132 aa  90.9  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  42.99 
 
 
228 aa  90.1  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  41.27 
 
 
182 aa  90.1  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  39.82 
 
 
130 aa  90.5  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  44.86 
 
 
180 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  43.43 
 
 
122 aa  89  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  43.88 
 
 
143 aa  88.2  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  49.46 
 
 
132 aa  87.8  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  33.15 
 
 
185 aa  87.8  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  41.96 
 
 
179 aa  87.4  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  41.44 
 
 
236 aa  87.4  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  32.39 
 
 
172 aa  86.7  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  41.35 
 
 
148 aa  85.9  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0475  cytochrome c class I  40.59 
 
 
133 aa  86.3  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  41.35 
 
 
148 aa  85.9  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  33.72 
 
 
183 aa  85.9  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  41 
 
 
236 aa  84.7  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  44 
 
 
199 aa  84.3  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  35.75 
 
 
183 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  40 
 
 
186 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  41.12 
 
 
166 aa  83.6  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  41.12 
 
 
132 aa  83.6  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  39.8 
 
 
104 aa  82.4  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  49.11 
 
 
181 aa  82.4  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  44.44 
 
 
124 aa  82.4  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  44.21 
 
 
133 aa  82  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  40.2 
 
 
112 aa  80.9  0.000000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  41.07 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  43.16 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3730  cytochrome c, class I  34.86 
 
 
184 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  40.95 
 
 
125 aa  79.7  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  32.43 
 
 
307 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  39.13 
 
 
149 aa  79  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  40.57 
 
 
124 aa  79  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  37.74 
 
 
121 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  33.93 
 
 
184 aa  79  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  36.19 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  32.97 
 
 
305 aa  77.8  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  36.96 
 
 
110 aa  77.8  0.00000000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  31.88 
 
 
158 aa  77.4  0.0000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  34.09 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  39.29 
 
 
132 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  31.35 
 
 
305 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  41.75 
 
 
127 aa  76.6  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  41.35 
 
 
123 aa  76.3  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  35.14 
 
 
184 aa  75.9  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  43.81 
 
 
120 aa  75.5  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  35.45 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  40.45 
 
 
111 aa  74.7  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  35 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  35 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  35.09 
 
 
474 aa  74.3  0.0000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  37.62 
 
 
118 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  41.24 
 
 
131 aa  73.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  38.78 
 
 
129 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  34.29 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  38.14 
 
 
118 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  40 
 
 
129 aa  73.2  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  38.1 
 
 
133 aa  72.4  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  35.04 
 
 
144 aa  72.4  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4131  cytochrome c, class I  39 
 
 
146 aa  72.8  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102323  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  40.43 
 
 
119 aa  71.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  39.18 
 
 
147 aa  71.2  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  37.76 
 
 
129 aa  70.9  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  41.18 
 
 
224 aa  70.9  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  35.11 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  38.6 
 
 
127 aa  70.9  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  39.22 
 
 
149 aa  70.9  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  35.04 
 
 
179 aa  70.9  0.00000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  37.74 
 
 
121 aa  70.5  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0911024 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>