168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3205 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  100 
 
 		 133 aa  268  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  90.23 
 
 		 133 aa  242  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  81.37 
 
 		 115 aa  176  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  52.76 
 
 		 131 aa  149  8.999999999999999e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  52.76 
 
 		 131 aa  149  8.999999999999999e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  56.69 
 
 		 132 aa  141  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  50.4 
 
 		 148 aa  130  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  50.4 
 
 		 148 aa  130  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  45.67 
 
 		 128 aa  120  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  58.16 
 
 		 132 aa  117  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  50.82 
 
 		 121 aa  110  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  50.86 
 
 		 121 aa  108  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  53.47 
 
 		 122 aa  106  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  50.52 
 
 		 118 aa  101  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  44.76 
 
 		 143 aa  100  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  46.46 
 
 		 122 aa  100  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  42.2 
 
 		 144 aa  100  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  42.2 
 
 		 144 aa  100  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  52.17 
 
 		 120 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  41.41 
 
 		 129 aa  99.4  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  44.66 
 
 		 126 aa  99.8  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  46.32 
 
 		 136 aa  100  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  43.93 
 
 		 111 aa  98.6  2e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  46.08 
 
 		 382 aa  98.2  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  45.45 
 
 		 122 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  44.32 
 
 		 110 aa  97.4  6e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  53.76 
 
 		 120 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  53.76 
 
 		 120 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  41.74 
 
 		 130 aa  95.9  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  44.64 
 
 		 129 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  50.57 
 
 		 104 aa  94.7  4e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  43.75 
 
 		 112 aa  94.7  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  43.44 
 
 		 130 aa  94  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  41.27 
 
 		 132 aa  92.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  40 
 
 		 154 aa  92  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  44.55 
 
 		 132 aa  92.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  47.83 
 
 		 118 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  38.61 
 
 		 129 aa  90.1  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  39.16 
 
 		 147 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  41.32 
 
 		 132 aa  89  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  40.16 
 
 		 133 aa  89.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  44 
 
 		 212 aa  88.6  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  34.92 
 
 		 124 aa  87.4  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  40.82 
 
 		 342 aa  87.4  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  36 
 
 		 235 aa  87  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  39.83 
 
 		 119 aa  87.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  37.31 
 
 		 235 aa  87  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  45.83 
 
 		 176 aa  85.9  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  36.45 
 
 		 130 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  37.88 
 
 		 236 aa  84.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  46.74 
 
 		 323 aa  84  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  35.38 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 127 aa  83.2  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  35.78 
 
 		 123 aa  83.2  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  43.43 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  40 
 
 		 147 aa  82.4  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  31.93 
 
 		 166 aa  82.4  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 140 aa  82  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  40.62 
 
 		 131 aa  81.3  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  41.82 
 
 		 179 aa  80.5  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  36.07 
 
 		 199 aa  80.9  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  39.29 
 
 		 220 aa  80.1  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  39.8 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  37.74 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  38.04 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  39.8 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  43.82 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  37.21 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3651  cytochrome c, class I  43.16 
 
 		 158 aa  78.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  39 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  41.82 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  41.18 
 
 		 160 aa  78.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  42 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  37.74 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  44.21 
 
 		 139 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  39.22 
 
 		 186 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  36.19 
 
 		 175 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  32.2 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3742  cytochrome c, class I  43.88 
 
 		 139 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443469  hitchhiker  0.000332538 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  39.56 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  42 
 
 		 296 aa  77  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  35.59 
 
 		 126 aa  77  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  38.74 
 
 		 202 aa  77  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  38.74 
 
 		 192 aa  77  0.00000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  38.4 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  39 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  38.24 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  40 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  39.81 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  34.38 
 
 		 165 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  30.97 
 
 		 121 aa  75.5  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  37.25 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  35.34 
 
 		 120 aa  75.1  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  47.3 
 
 		 144 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  37.62 
 
 		 185 aa  74.3  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  31.71 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  39.09 
 
 		 305 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  39.09 
 
 		 305 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  35.87 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>