179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1880 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  100 
 
 
122 aa  253  9e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  90.16 
 
 
122 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  60.19 
 
 
128 aa  141  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  53.47 
 
 
154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  51.02 
 
 
129 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  46.72 
 
 
148 aa  113  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  46.72 
 
 
148 aa  113  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  49.49 
 
 
132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  43.97 
 
 
133 aa  107  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  41.53 
 
 
131 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  41.53 
 
 
131 aa  105  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  41.59 
 
 
121 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  40.35 
 
 
121 aa  94  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  36.52 
 
 
133 aa  92.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  41.03 
 
 
120 aa  90.5  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  43.75 
 
 
236 aa  90.1  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  42.22 
 
 
136 aa  87.4  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  39.66 
 
 
132 aa  86.3  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  38.1 
 
 
129 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  38.24 
 
 
122 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  41.44 
 
 
119 aa  84.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  39.18 
 
 
118 aa  84  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  40 
 
 
115 aa  84  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  40.95 
 
 
133 aa  83.6  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  38.89 
 
 
130 aa  82.8  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  38.14 
 
 
132 aa  83.2  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  36.36 
 
 
111 aa  82.8  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  36.44 
 
 
130 aa  82  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  37.93 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  42.98 
 
 
235 aa  82  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  38.46 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  34.17 
 
 
123 aa  82  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  33.62 
 
 
199 aa  81.3  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  38.24 
 
 
144 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  38.24 
 
 
144 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  36.36 
 
 
224 aa  80.9  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  38.26 
 
 
126 aa  80.5  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  39.81 
 
 
308 aa  80.1  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  36.44 
 
 
132 aa  80.1  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  31.16 
 
 
144 aa  79.7  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  38.1 
 
 
129 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  34.11 
 
 
147 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  36.08 
 
 
118 aa  77.4  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  34.69 
 
 
110 aa  77.4  0.00000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  37.62 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  33.62 
 
 
125 aa  76.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  40.59 
 
 
132 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  36.36 
 
 
130 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  34.74 
 
 
104 aa  75.1  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  34.75 
 
 
127 aa  75.1  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  33.61 
 
 
126 aa  74.7  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  39.08 
 
 
133 aa  74.7  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  37.11 
 
 
382 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2672  hypothetical protein  36.36 
 
 
139 aa  73.9  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0619272  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  35.35 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  34.02 
 
 
124 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  36.04 
 
 
120 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  39.22 
 
 
149 aa  73.2  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  36.67 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  36.63 
 
 
176 aa  73.6  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  32.41 
 
 
127 aa  73.6  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  36.26 
 
 
143 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  37.84 
 
 
225 aa  72  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  31.5 
 
 
182 aa  71.6  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  33.64 
 
 
126 aa  71.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3100  cytochrome c class I  36.61 
 
 
429 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00535618  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  36.21 
 
 
147 aa  71.2  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  34.31 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0488  cytochrome c, class I  36.54 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131648  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  34.88 
 
 
120 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  34.88 
 
 
120 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
183 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  38.14 
 
 
140 aa  70.5  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  35.05 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  32.33 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  36.27 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  31.58 
 
 
121 aa  69.3  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  35.29 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  34.07 
 
 
184 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  31.68 
 
 
342 aa  67  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  33.33 
 
 
130 aa  67  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3070  WD-40 repeat protein  36.04 
 
 
438 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  37.39 
 
 
235 aa  67  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3742  cytochrome c, class I  31.54 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443469  hitchhiker  0.000332538 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  34.38 
 
 
174 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  34.02 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  41.1 
 
 
183 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  34.38 
 
 
174 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  32.32 
 
 
474 aa  65.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2844  WD-40 repeat-containing protein  35.14 
 
 
440 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2962  cytochrome c class I  36.04 
 
 
448 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.832203  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  32.32 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1677  cytochrome C2  33.33 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3205  cytochrome c class I  34.21 
 
 
143 aa  64.7  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.111252 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  38.14 
 
 
131 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  35.35 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  36.54 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  34.44 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3443  cytochrome c, class I  40.21 
 
 
155 aa  64.3  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.719104  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>