153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1724 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  100 
 
 		 139 aa  284  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3742  cytochrome c, class I  85.61 
 
 		 139 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443469  hitchhiker  0.000332538 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3987  cytochrome c, class I  84.89 
 
 		 139 aa  247  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855884  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  68.79 
 
 		 147 aa  197  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  62.96 
 
 		 144 aa  168  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 129 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 126 aa  87.4  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  42.11 
 
 		 129 aa  87  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  39.45 
 
 		 136 aa  85.5  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  39.39 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  37.07 
 
 		 308 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  37.41 
 
 		 148 aa  78.2  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  37.41 
 
 		 148 aa  78.2  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  36.3 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3443  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.719104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  38.81 
 
 		 121 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0998  cytochrome c, class I  40.65 
 
 		 155 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  34.78 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  38.24 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  40.71 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0296  cytochrome c2  38.21 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.109332  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1940  cytochrome c, class I  38.21 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  39.13 
 
 		 202 aa  73.9  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  39.13 
 
 		 192 aa  73.9  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  36.44 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  36.44 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  40 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1937  cytochrome c, class I  37.32 
 
 		 155 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00818219 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  39.82 
 
 		 382 aa  72  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 125 aa  72  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  36.23 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  40.71 
 
 		 124 aa  72  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  34.78 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3547  cytochrome c2  31.69 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.421654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 236 aa  71.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1020  cytochrome c, class I  36.94 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  37.61 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  35.86 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  35.45 
 
 		 342 aa  68.2  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  32.61 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  33.93 
 
 		 143 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  42.5 
 
 		 187 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  33.58 
 
 		 120 aa  66.6  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 132 aa  67  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  32.17 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  37.96 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  34.21 
 
 		 104 aa  65.9  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  32.59 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  36.21 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  37.93 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  38.74 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  32.76 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  35.25 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  33.05 
 
 		 175 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  36.52 
 
 		 224 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  33.79 
 
 		 224 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  32.76 
 
 		 144 aa  63.9  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  34.86 
 
 		 165 aa  63.9  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  32.76 
 
 		 144 aa  63.9  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3553  cytochrome c, class I  35.77 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  35.65 
 
 		 176 aa  63.5  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  34.45 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0148  cytochrome c, class I  31.97 
 
 		 148 aa  62.8  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 122 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  37.23 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  36.75 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  33.9 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  35.59 
 
 		 154 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  34.23 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 323 aa  62  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  38.21 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  34.23 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 130 aa  62  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  30.28 
 
 		 235 aa  62  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  35.94 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  36.7 
 
 		 120 aa  62  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  33.83 
 
 		 124 aa  62  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  34.31 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  40 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  34.59 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  33.33 
 
 		 174 aa  61.6  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  35.96 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  36.7 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  34.13 
 
 		 180 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  37.17 
 
 		 224 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  31.58 
 
 		 110 aa  60.5  0.000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  33.58 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  34.51 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  33.62 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  32.28 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  29.82 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  32.14 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  35.96 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  35.09 
 
 		 263 aa  57.8  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  32.17 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  29.27 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  33.6 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>