178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0011 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  100 
 
 		 132 aa  269  8.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  59.52 
 
 		 132 aa  154  5.0000000000000005e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  53.12 
 
 		 133 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  52.03 
 
 		 128 aa  122  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  48 
 
 		 148 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  48 
 
 		 148 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  58.16 
 
 		 133 aa  117  6e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  43.94 
 
 		 131 aa  114  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  43.94 
 
 		 131 aa  114  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  58.16 
 
 		 118 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  55.88 
 
 		 122 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  50.48 
 
 		 296 aa  108  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  51.96 
 
 		 209 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  52.88 
 
 		 115 aa  108  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  56.31 
 
 		 382 aa  107  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  53.04 
 
 		 121 aa  106  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  46.51 
 
 		 130 aa  103  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  49.18 
 
 		 121 aa  102  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  53.47 
 
 		 176 aa  102  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  46.56 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  45.45 
 
 		 112 aa  102  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  44.62 
 
 		 130 aa  101  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  55.32 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  42.86 
 
 		 235 aa  101  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  43.55 
 
 		 133 aa  100  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  51.06 
 
 		 104 aa  100  7e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  47.5 
 
 		 120 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  46.32 
 
 		 110 aa  99.4  2e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  46 
 
 		 111 aa  98.2  3e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  47.37 
 
 		 124 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  50 
 
 		 342 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  46.81 
 
 		 136 aa  94.4  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  41.54 
 
 		 129 aa  94  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  44.23 
 
 		 166 aa  93.6  9e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  40.59 
 
 		 154 aa  92.8  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  49.06 
 
 		 175 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  43.59 
 
 		 123 aa  92.8  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  37.1 
 
 		 130 aa  92.8  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  45.95 
 
 		 174 aa  92.4  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  48.84 
 
 		 120 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  43.09 
 
 		 132 aa  92.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  42 
 
 		 122 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  48.57 
 
 		 126 aa  90.9  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  48.51 
 
 		 174 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  48.51 
 
 		 174 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  46.81 
 
 		 120 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  41.58 
 
 		 199 aa  90.5  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  41 
 
 		 122 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  44.14 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  41.07 
 
 		 236 aa  89.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  44.14 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  40.16 
 
 		 165 aa  89  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  42.74 
 
 		 235 aa  88.6  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  39.67 
 
 		 132 aa  88.2  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  40.77 
 
 		 129 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  42.22 
 
 		 184 aa  87.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  40.19 
 
 		 149 aa  87.4  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  39.66 
 
 		 185 aa  87  7e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  43.56 
 
 		 212 aa  87  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  39.5 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  39.67 
 
 		 119 aa  86.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  38.24 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  44.23 
 
 		 185 aa  84.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  39.29 
 
 		 120 aa  84.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  44.74 
 
 		 263 aa  84.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  40.35 
 
 		 224 aa  84  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  44.23 
 
 		 286 aa  83.6  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  35.48 
 
 		 124 aa  82.4  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  45.56 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1307  cytochrome c, class I  39.29 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  45.24 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 147 aa  82.4  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  41 
 
 		 143 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1708  putative cytochrome c  41.49 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.329257 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  47.12 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  42.05 
 
 		 224 aa  80.9  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  43.69 
 
 		 202 aa  80.5  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  42.72 
 
 		 180 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  40.19 
 
 		 169 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  43.69 
 
 		 192 aa  80.1  0.000000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  42 
 
 		 170 aa  80.1  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  35.65 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  37.96 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  37.82 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  38.83 
 
 		 474 aa  80.1  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  46.15 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  44.94 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  42.39 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  37.9 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  43.18 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  39.62 
 
 		 186 aa  77.4  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  40.78 
 
 		 179 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  40.83 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  40 
 
 		 183 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  42.7 
 
 		 160 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  41.41 
 
 		 182 aa  77  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  38.14 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1677  cytochrome C2  38.83 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  42.72 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>