167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4131 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4131  cytochrome c, class I  100 
 
 
146 aa  300  3.0000000000000004e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102323  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  43.69 
 
 
149 aa  96.3  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  46.94 
 
 
131 aa  95.9  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  46.15 
 
 
127 aa  95.5  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  44.64 
 
 
165 aa  92  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  44.33 
 
 
296 aa  91.3  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  43.4 
 
 
286 aa  89  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  40.71 
 
 
121 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  39.81 
 
 
212 aa  86.3  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  37.61 
 
 
124 aa  85.9  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  38.02 
 
 
126 aa  85.1  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  40.8 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  36.29 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  36.29 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  37.61 
 
 
166 aa  84.3  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  42.45 
 
 
199 aa  84.3  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  40.19 
 
 
128 aa  84  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  38.52 
 
 
121 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  43.69 
 
 
144 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  40.2 
 
 
125 aa  82.8  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  43.69 
 
 
144 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  39.45 
 
 
122 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  39.37 
 
 
130 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  41.51 
 
 
188 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  44.72 
 
 
224 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  40.68 
 
 
123 aa  80.9  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  38.32 
 
 
263 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  40.2 
 
 
180 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  41.18 
 
 
182 aa  79  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  40 
 
 
174 aa  79  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  38.83 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  38.68 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  41.84 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  38.54 
 
 
124 aa  78.2  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  38.38 
 
 
235 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  39.58 
 
 
120 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  40.57 
 
 
187 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  37.11 
 
 
118 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  39.58 
 
 
120 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  36.21 
 
 
129 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  39.22 
 
 
202 aa  77  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  41.49 
 
 
113 aa  76.6  0.00000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  39.62 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  42.05 
 
 
160 aa  76.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  38.24 
 
 
179 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  37.5 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  43.12 
 
 
308 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  42.7 
 
 
149 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  38.54 
 
 
120 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  42.72 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  39.22 
 
 
192 aa  76.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  35.24 
 
 
209 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  38.24 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  31.36 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  40.83 
 
 
133 aa  75.9  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  35.24 
 
 
126 aa  75.5  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  38.61 
 
 
185 aa  75.9  0.0000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  31.36 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  36.27 
 
 
323 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  35.58 
 
 
186 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3651  cytochrome c, class I  39.58 
 
 
158 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278584  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  40.95 
 
 
127 aa  74.7  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  39.25 
 
 
175 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  31.31 
 
 
115 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  32.04 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  35.83 
 
 
235 aa  74.3  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  39.23 
 
 
224 aa  73.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  38.21 
 
 
225 aa  73.9  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  36.63 
 
 
382 aa  73.6  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  38.02 
 
 
130 aa  73.6  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  42 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  37 
 
 
147 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  36.78 
 
 
132 aa  72.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  34.65 
 
 
118 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  38.14 
 
 
124 aa  72.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  37.74 
 
 
129 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  34.62 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  38.3 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  33.04 
 
 
130 aa  71.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  39 
 
 
174 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  37.25 
 
 
305 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  37.25 
 
 
305 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  39 
 
 
174 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  35.29 
 
 
132 aa  71.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  32.08 
 
 
111 aa  71.2  0.000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  41.05 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  34.15 
 
 
132 aa  71.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  35.56 
 
 
140 aa  70.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  36.27 
 
 
307 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  37.29 
 
 
329 aa  70.1  0.000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  33.33 
 
 
132 aa  70.1  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  35.79 
 
 
126 aa  70.1  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  42.42 
 
 
120 aa  69.3  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  30.68 
 
 
110 aa  69.7  0.00000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  30.53 
 
 
133 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  40.43 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0488  cytochrome c, class I  38.1 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131648  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  36.89 
 
 
236 aa  67.8  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  35 
 
 
342 aa  67.8  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  33.71 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>