160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4365 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4365  cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  100 
 
 		 154 aa  310  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4249  putative cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  68.83 
 
 		 148 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.22639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4954  Cytochrome c553-like protein  69.05 
 
 		 139 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  52.5 
 
 		 236 aa  89.4  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  51.32 
 
 		 235 aa  83.6  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  43.84 
 
 		 139 aa  74.3  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  37.65 
 
 		 105 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  40.3 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  36.26 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  37.31 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  40.51 
 
 		 123 aa  53.1  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  36.84 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  37.18 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00326  cytochrome C4  32.58 
 
 		 91 aa  52.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  33.33 
 
 		 207 aa  52  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  34.33 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  33.71 
 
 		 198 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 221 aa  52.4  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 104 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  31.91 
 
 		 191 aa  51.6  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  27.88 
 
 		 222 aa  50.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  29.9 
 
 		 106 aa  50.4  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  36.05 
 
 		 104 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1635  putative cytochrome  32.93 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.240566  normal  0.477632 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  31.96 
 
 		 105 aa  50.1  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  35 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  39.19 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 225 aa  48.9  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 206 aa  48.9  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  31.25 
 
 		 193 aa  49.7  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05467  cytochrome c  30.97 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  29.59 
 
 		 116 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  40 
 
 		 124 aa  48.5  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3427  cytochrome c, class I  33.82 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  28.83 
 
 		 212 aa  48.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  29.58 
 
 		 104 aa  48.1  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  30.85 
 
 		 104 aa  47.8  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  26.53 
 
 		 224 aa  47.8  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  38.1 
 
 		 226 aa  47.8  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  36.59 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  35.44 
 
 		 106 aa  47.8  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 113 aa  47.4  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  31.13 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  31.91 
 
 		 230 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2701  cytochrome c, class I  27.38 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.487536  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  32.91 
 
 		 221 aa  46.2  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  31.91 
 
 		 105 aa  47  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  29.73 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  28.71 
 
 		 220 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  28.99 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  31.91 
 
 		 105 aa  47  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  31.91 
 
 		 105 aa  47  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1185  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 214 aa  45.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.472956  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  29.57 
 
 		 202 aa  46.2  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3136  cytochrome c, class I  25.26 
 
 		 101 aa  45.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  37.88 
 
 		 199 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  30.1 
 
 		 229 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0445  hypothetical protein  36.51 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  30.21 
 
 		 215 aa  45.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  32.29 
 
 		 195 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0669  hypothetical protein  38.36 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0140591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  28.83 
 
 		 206 aa  45.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  35.71 
 
 		 205 aa  45.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  37.33 
 
 		 219 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  37.33 
 
 		 219 aa  45.4  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  33.72 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  32.22 
 
 		 209 aa  45.1  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  28.41 
 
 		 111 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  33.33 
 
 		 210 aa  44.7  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000045  cytochrome c553  28 
 
 		 106 aa  45.1  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  35.71 
 
 		 153 aa  44.7  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  26.73 
 
 		 217 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  31.25 
 
 		 205 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  29.49 
 
 		 213 aa  44.3  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  30.38 
 
 		 224 aa  43.9  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  33.33 
 
 		 196 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  27.27 
 
 		 118 aa  43.9  0.0009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  33.33 
 
 		 201 aa  43.9  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  36 
 
 		 221 aa  43.9  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  31.34 
 
 		 206 aa  43.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  31.58 
 
 		 213 aa  43.5  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  37.88 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1332  cytochrome c, class IC  34.25 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0014287  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  28.28 
 
 		 198 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  30.77 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0966  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  34.25 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  34.85 
 
 		 130 aa  43.5  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  30.84 
 
 		 212 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  32.93 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  30 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1017  cytochrome c, class IC  34.25 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  28.12 
 
 		 222 aa  43.5  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0848  cytochrome C4 family protein  34.25 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412823  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  28.28 
 
 		 198 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1171  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1179  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0300  cytochrome c, class IC  34.25 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.949004  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  34.88 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  36.07 
 
 		 237 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>