More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4466 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  100 
 
 		 230 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  59.56 
 
 		 221 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  57.78 
 
 		 219 aa  264  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  57.33 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  56.77 
 
 		 225 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  57.14 
 
 		 222 aa  254  6e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  56 
 
 		 220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  55.41 
 
 		 224 aa  239  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  54.87 
 
 		 221 aa  234  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  56 
 
 		 221 aa  228  5e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1616  cytochrome c class I  51.1 
 
 		 219 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.016754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1024  cytochrome c, class I  59.81 
 
 		 115 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462828  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0999  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  67.47 
 
 		 115 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.209116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0987  cytochrome c, class I  57.01 
 
 		 114 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0930  cytochrome c class I  55.45 
 
 		 122 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.308919  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0865  cytochrome c class I  54.55 
 
 		 122 aa  115  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.394911  normal  0.438525 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0907  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  49.51 
 
 		 121 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.153679  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0946  cytochrome c class I  51.02 
 
 		 119 aa  111  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2100  cytochrome c class I  50 
 
 		 126 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.215456 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5673  cytochrome c, class I  55.68 
 
 		 119 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2370  cytochrome c, class I  55.68 
 
 		 119 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16283  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2250  cytochrome c class I  55.68 
 
 		 119 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.792334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2354  cytochrome c class I  51.02 
 
 		 119 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.408751 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2331  cytochrome c, class I  51.02 
 
 		 119 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1719  cytochrome c, class I  51.02 
 
 		 119 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.355431  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0848  cytochrome C4 family protein  53.16 
 
 		 119 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0300  cytochrome c, class IC  53.16 
 
 		 119 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.949004  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1332  cytochrome c, class IC  53.16 
 
 		 119 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0014287  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1017  cytochrome c, class IC  53.16 
 
 		 119 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2701  cytochrome c, class I  52.33 
 
 		 109 aa  103  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.487536  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0966  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  53.85 
 
 		 119 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1171  cytochrome c family protein  53.16 
 
 		 119 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1179  cytochrome c family protein  53.16 
 
 		 119 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  31.96 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0935  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  52.94 
 
 		 124 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  42.45 
 
 		 111 aa  97.1  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1232  cytochrome c class I  47 
 
 		 122 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.730475 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  33.78 
 
 		 207 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  33.78 
 
 		 207 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 207 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  33.64 
 
 		 209 aa  92.8  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  33.49 
 
 		 200 aa  92.4  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3050  cytochrome c, class I  46.88 
 
 		 106 aa  91.3  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000221964  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  32.89 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  32.89 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  32.89 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  32.89 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00326  cytochrome C4  49.4 
 
 		 91 aa  90.9  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3314  putative cytochrome C precursor-related protein  47 
 
 		 122 aa  89.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717977  normal  0.454929 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0866  putative periplasmic cytochrome type-C oxidoreductase signal peptide protein  47.78 
 
 		 132 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.525765  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  31.79 
 
 		 205 aa  88.2  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0934  cytochrome c class I  51.11 
 
 		 117 aa  87.8  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  33 
 
 		 191 aa  87.8  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0931  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  47.78 
 
 		 132 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.678097  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1025  cytochrome c, class I  47 
 
 		 132 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  33.15 
 
 		 215 aa  87  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  30.52 
 
 		 202 aa  86.3  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  31.56 
 
 		 207 aa  86.3  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  30.67 
 
 		 207 aa  86.3  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0988  cytochrome c, class I  44 
 
 		 132 aa  86.3  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  31.28 
 
 		 205 aa  85.9  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  31.98 
 
 		 206 aa  85.9  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  30.88 
 
 		 193 aa  85.1  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  32.29 
 
 		 206 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  31.44 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0076  cytochrome c4 precursor  30.9 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  31.31 
 
 		 205 aa  84.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1000  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  44.44 
 
 		 133 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.344958  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  32.7 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  33.52 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  30.91 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  29.85 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  33.52 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  31.46 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  33.52 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  29.73 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  29.95 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  29.95 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  29.27 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  29.33 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  33.93 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2099  cytochrome c class I  48.19 
 
 		 127 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.149898 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  32.23 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  29.49 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1233  cytochrome c class I  45.78 
 
 		 127 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911336  normal  0.743154 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  29.27 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1635  putative cytochrome  46.25 
 
 		 129 aa  81.6  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.240566  normal  0.477632 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2787  cytochrome c, class I  30.43 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  26.01 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  30.27 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  27.92 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3313  putative cytochrome C precursor-related protein  45 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477709  normal  0.708119 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  29.36 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  32.63 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  27.78 
 
 		 202 aa  78.6  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  30.5 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  29.95 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  29.44 
 
 		 207 aa  78.2  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  30.27 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  28.11 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>