200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4954 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4954  Cytochrome c553-like protein  100 
 
 		 139 aa  281  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4249  putative cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  64.08 
 
 		 148 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.22639 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4365  cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  74.77 
 
 		 154 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  53.25 
 
 		 236 aa  90.9  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  54.79 
 
 		 235 aa  85.9  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  47.95 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  40.51 
 
 		 105 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  35.64 
 
 		 206 aa  60.8  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  32.99 
 
 		 104 aa  59.7  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  32.71 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  35.87 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  33.64 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00326  cytochrome C4  32.58 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  31.73 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  31.96 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1635  putative cytochrome  35.37 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.240566  normal  0.477632 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  32.69 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  31.63 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  38.16 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  31.43 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  41.89 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  29.81 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  30.48 
 
 		 222 aa  54.3  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  31.71 
 
 		 127 aa  53.5  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  34.29 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3152  cytochrome c552  29.41 
 
 		 230 aa  53.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720354  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  36.49 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2750  cytochrome c class I  29.41 
 
 		 230 aa  53.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0318755  hitchhiker  0.00000419826 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  33 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  36.62 
 
 		 112 aa  52  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  34 
 
 		 191 aa  52.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  38.64 
 
 		 205 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  30.19 
 
 		 230 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 116 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  25 
 
 		 206 aa  50.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  35.37 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2701  cytochrome c, class I  30.68 
 
 		 109 aa  50.4  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.487536  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  29.7 
 
 		 207 aa  50.4  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  28.77 
 
 		 106 aa  50.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 226 aa  50.4  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  27.72 
 
 		 206 aa  50.4  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 124 aa  50.1  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  29.52 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  29.52 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  29.52 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1185  cytochrome c family protein  32 
 
 		 214 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.472956  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  31.71 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  27.19 
 
 		 207 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  30.77 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  29.29 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  33.98 
 
 		 221 aa  48.9  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  30.59 
 
 		 221 aa  48.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  28.17 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  27.55 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  25.93 
 
 		 206 aa  48.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  35.06 
 
 		 153 aa  48.5  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1616  cytochrome c class I  30.38 
 
 		 219 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.016754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  28.16 
 
 		 207 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  28.16 
 
 		 207 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  28.16 
 
 		 207 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  32.93 
 
 		 199 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  29.73 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 318 aa  47.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  34.67 
 
 		 382 aa  47.8  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  32.67 
 
 		 130 aa  47.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 206 aa  47.8  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0707  cytochrome c554  28.42 
 
 		 146 aa  47.8  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  32.29 
 
 		 108 aa  47.8  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  27.18 
 
 		 207 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  27.18 
 
 		 207 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  27.18 
 
 		 207 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  28.44 
 
 		 215 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  27.18 
 
 		 207 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  33.73 
 
 		 98 aa  47  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  31.11 
 
 		 104 aa  47  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0300  cytochrome c, class IC  37.68 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.949004  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1332  cytochrome c, class IC  37.68 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0014287  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  37.36 
 
 		 205 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  30.38 
 
 		 219 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  34.33 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0966  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  37.68 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  25.76 
 
 		 229 aa  46.2  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  30.69 
 
 		 213 aa  46.2  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1017  cytochrome c, class IC  37.68 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0848  cytochrome C4 family protein  37.68 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412823  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1171  cytochrome c family protein  37.68 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1179  cytochrome c family protein  37.68 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  28.95 
 
 		 202 aa  45.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  34.94 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  32 
 
 		 237 aa  46.2  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  40.58 
 
 		 223 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0669  hypothetical protein  33.8 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0140591  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0946  cytochrome c class I  32.91 
 
 		 119 aa  45.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  31.65 
 
 		 108 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0445  hypothetical protein  34.92 
 
 		 149 aa  45.8  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  40.58 
 
 		 225 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  27.18 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>