More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1873 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1873  putative cytochrome c  100 
 
 
102 aa  203  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.490249  normal  0.677809 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2365  cytochrome c class I  46.6 
 
 
107 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.956584  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  53.16 
 
 
287 aa  87.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2881  cytochrome c, class I  52.56 
 
 
103 aa  80.5  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  52.31 
 
 
273 aa  75.5  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0751  cytochrome c, class I  41.67 
 
 
112 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  43.16 
 
 
104 aa  71.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  41.84 
 
 
108 aa  71.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  45.65 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  40.82 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0629  cytochrome c, class I  45.95 
 
 
102 aa  68.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000291429  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2409  cytochrome c-552  47.06 
 
 
103 aa  68.6  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  38.78 
 
 
318 aa  68.2  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  43.48 
 
 
108 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  42.72 
 
 
206 aa  67  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0952  cytochrome c, class I  40 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000198815  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  47.06 
 
 
219 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  38.68 
 
 
209 aa  65.5  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  45.59 
 
 
219 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2392  cytochrome c, class I  41.77 
 
 
214 aa  64.3  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  42.86 
 
 
104 aa  63.9  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  39.05 
 
 
207 aa  64.3  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  47.06 
 
 
255 aa  63.9  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  38.71 
 
 
205 aa  63.5  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0572  cytochrome c, class I  40.22 
 
 
227 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0064  putative cytochrome C precursor  44.16 
 
 
222 aa  62.8  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215607  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  39.71 
 
 
208 aa  63.2  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  44.12 
 
 
242 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  42.65 
 
 
217 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0615  cytochrome c, class I  42.11 
 
 
218 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  36.36 
 
 
217 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  42.65 
 
 
217 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  45.59 
 
 
223 aa  62  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  36.36 
 
 
217 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0594  cytochrome c class I  42.11 
 
 
218 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  42.65 
 
 
217 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  49.25 
 
 
153 aa  61.6  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  40 
 
 
104 aa  62  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  37.21 
 
 
205 aa  62  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  37.74 
 
 
220 aa  61.6  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0690  cytochrome c class I  42.65 
 
 
212 aa  62  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0729078  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0710  cytochrome c, class I  42.65 
 
 
212 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.272303 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  41.25 
 
 
209 aa  61.6  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
202 aa  61.2  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  44.12 
 
 
205 aa  61.2  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  41.98 
 
 
220 aa  61.6  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  41.18 
 
 
221 aa  61.6  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0264  cytochrome c class I  34.57 
 
 
112 aa  61.2  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.453378  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  36.05 
 
 
246 aa  61.2  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  40.91 
 
 
199 aa  60.8  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  41.18 
 
 
217 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  36.05 
 
 
238 aa  60.8  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
217 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  41.18 
 
 
217 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  35.48 
 
 
223 aa  60.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  40.23 
 
 
206 aa  60.8  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  34.83 
 
 
203 aa  60.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  35.48 
 
 
205 aa  60.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  49.25 
 
 
104 aa  60.5  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  40.23 
 
 
206 aa  60.5  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  40 
 
 
210 aa  60.1  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  41.3 
 
 
105 aa  60.1  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  37.88 
 
 
204 aa  60.5  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  37.93 
 
 
229 aa  60.5  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  41.84 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
211 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  39.13 
 
 
207 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  41.94 
 
 
207 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  41.94 
 
 
207 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
217 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  35.8 
 
 
222 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  41.18 
 
 
217 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3191  cytochrome c, class I  42.65 
 
 
219 aa  59.7  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0076  cytochrome c4 precursor  41.43 
 
 
227 aa  59.7  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699547  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  35.29 
 
 
209 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  41.94 
 
 
207 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  41.94 
 
 
207 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  33.33 
 
 
216 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  42.65 
 
 
225 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0123  cytochrome c class I  41.03 
 
 
418 aa  59.3  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.266844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  32.98 
 
 
205 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  39.18 
 
 
205 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  39.08 
 
 
207 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  39.18 
 
 
205 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0546  cytochrome c, class I  38.1 
 
 
249 aa  58.5  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000045  cytochrome c553  36.36 
 
 
106 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04432  cytochrome C4  35.79 
 
 
252 aa  58.9  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  34.41 
 
 
202 aa  58.2  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  37.36 
 
 
219 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  39.71 
 
 
200 aa  58.2  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  35.35 
 
 
111 aa  58.2  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  37.36 
 
 
219 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  35.51 
 
 
216 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0391  cytochrome c, class I  49.21 
 
 
101 aa  57.8  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.401855  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  44.83 
 
 
153 aa  57.4  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  36.08 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
203 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  36.08 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  36.08 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  38.18 
 
 
265 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>