255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2034 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2034  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  100 
 
 		 98 aa  197  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.738809 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  49.28 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  46.58 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  50.72 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  47.83 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  44.93 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  43.94 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  42.25 
 
 		 108 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  45.71 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1330  cytochrome c553-like protein  36.56 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.219398  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3136  cytochrome c, class I  35.79 
 
 		 101 aa  65.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  37.35 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2428  putative cytochrome c  44.59 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  40.58 
 
 		 108 aa  64.7  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  43.66 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1476  putative signal peptide protein  44.59 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.907195  normal  0.613134 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3427  cytochrome c, class I  41.1 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4438  cytochrome c553-like  39.73 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1162  cytochrome c, class I  34.88 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.806523  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1578  cytochrome c, class I  44.29 
 
 		 113 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  35.71 
 
 		 104 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3771  putative cytochrome c  40.91 
 
 		 125 aa  62  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  36.9 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0729  hypothetical protein  34.48 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  39.51 
 
 		 106 aa  61.6  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3047  cytochrome c class I  41.3 
 
 		 106 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.545307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  37.96 
 
 		 216 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  40 
 
 		 212 aa  60.5  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 216 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  33.33 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  46.38 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  41.57 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  42.03 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  42.03 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  42.03 
 
 		 208 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  42.03 
 
 		 208 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  42.03 
 
 		 208 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  33.64 
 
 		 216 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4567  cytochrome c class I  42.42 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798656  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  39.71 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  36.73 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  37.68 
 
 		 108 aa  56.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  42.03 
 
 		 208 aa  57  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  40.58 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  40.58 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  42.47 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  38.64 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5760  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 266 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3133  putative signal peptide protein  42.47 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  38.64 
 
 		 220 aa  53.9  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  37.23 
 
 		 209 aa  53.5  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  42.03 
 
 		 208 aa  53.5  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 205 aa  52.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  30.53 
 
 		 108 aa  53.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1844  cytochrome c class I  38.03 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000314475  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  40.62 
 
 		 103 aa  52  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  40 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 204 aa  52.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  37.68 
 
 		 208 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  40 
 
 		 116 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  38.57 
 
 		 236 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  32.67 
 
 		 104 aa  50.8  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05467  cytochrome c  31.94 
 
 		 129 aa  51.2  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  41.79 
 
 		 191 aa  50.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  39.71 
 
 		 318 aa  49.7  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  38.57 
 
 		 105 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  38.03 
 
 		 207 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  34.44 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  38.03 
 
 		 207 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  38.2 
 
 		 414 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  40.3 
 
 		 198 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  40.3 
 
 		 198 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  38.81 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  39.39 
 
 		 265 aa  48.9  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  38.03 
 
 		 207 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  37.68 
 
 		 210 aa  48.9  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  38.03 
 
 		 207 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  34.41 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  35.35 
 
 		 217 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1635  putative cytochrome  32.43 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.240566  normal  0.477632 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2099  cytochrome c class I  28.97 
 
 		 127 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.149898 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  39.39 
 
 		 265 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  34.25 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0690  cytochrome c class I  38.57 
 
 		 212 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0729078  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0264  cytochrome c class I  34.18 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.453378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  39.39 
 
 		 265 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0710  cytochrome c, class I  38.57 
 
 		 212 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.272303 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  42.25 
 
 		 414 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  39.39 
 
 		 215 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2081  putative cytochrome c  36.36 
 
 		 194 aa  47.8  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2026  cytochrome c, class IC  40.62 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3191  cytochrome c, class I  38.24 
 
 		 219 aa  47.8  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8118  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 270 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0808523  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  34.38 
 
 		 105 aa  47.8  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1799  cytochrome c family protein  29.49 
 
 		 99 aa  47.4  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000599943  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  39.39 
 
 		 206 aa  47.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  39.39 
 
 		 206 aa  47.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  39.39 
 
 		 206 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>