89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3133 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3133  putative signal peptide protein  100 
 
 		 118 aa  233  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  91.53 
 
 		 118 aa  194  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3263  putative signal peptide protein  76.04 
 
 		 116 aa  150  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  55.84 
 
 		 108 aa  81.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3427  cytochrome c, class I  51.25 
 
 		 125 aa  81.3  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1476  putative signal peptide protein  42.86 
 
 		 109 aa  68.2  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.907195  normal  0.613134 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  40.96 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  36.52 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3771  putative cytochrome c  38.38 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3136  cytochrome c, class I  34.21 
 
 		 101 aa  64.3  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4567  cytochrome c class I  39.53 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798656  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4438  cytochrome c553-like  36.47 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0729  hypothetical protein  33.98 
 
 		 110 aa  61.6  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  38.64 
 
 		 213 aa  61.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  34.75 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  36.9 
 
 		 106 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  37.96 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  34.95 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  38.16 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2428  putative cytochrome c  37.97 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2034  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  43.06 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.738809 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  34.25 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  40.38 
 
 		 103 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  36.25 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  37.84 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1844  cytochrome c class I  34.21 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000314475  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 107 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  31.11 
 
 		 124 aa  50.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1162  cytochrome c, class I  35.16 
 
 		 107 aa  50.4  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.806523  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5765  cytochrome c4, putative  30.63 
 
 		 235 aa  50.1  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.524274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0934  cytochrome c class I  34.78 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  40.28 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  30.67 
 
 		 212 aa  48.9  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  36 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  36 
 
 		 237 aa  48.9  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  31.13 
 
 		 202 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  29.63 
 
 		 126 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  32.43 
 
 		 199 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  33.77 
 
 		 215 aa  47.4  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  35.53 
 
 		 212 aa  47.4  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  28.44 
 
 		 130 aa  47.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  34.21 
 
 		 223 aa  47  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  35.37 
 
 		 222 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  41.56 
 
 		 226 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3047  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.545307  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1112  hypothetical protein  35.29 
 
 		 51 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.527816 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  36.47 
 
 		 226 aa  45.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3048  cytochrome c553  40 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.58659  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  31.07 
 
 		 195 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  34.29 
 
 		 209 aa  44.7  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4249  putative cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  28.95 
 
 		 148 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.22639 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1330  cytochrome c553-like protein  31.43 
 
 		 106 aa  44.3  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.219398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  29.81 
 
 		 318 aa  44.7  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  32 
 
 		 105 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  32.76 
 
 		 216 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4365  cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  27.27 
 
 		 154 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 108 aa  43.9  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 201 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  28.7 
 
 		 216 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  29.2 
 
 		 217 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  28.43 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1578  cytochrome c, class I  32.18 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2081  putative cytochrome c  32.5 
 
 		 194 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  36.23 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  35.21 
 
 		 225 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  32.47 
 
 		 213 aa  42  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6402  cytochrome c, class I  38.57 
 
 		 218 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  30.26 
 
 		 198 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  32.53 
 
 		 221 aa  42  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  30.26 
 
 		 198 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6830  cytochrome c, class I  35.21 
 
 		 292 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0812003  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  27.43 
 
 		 216 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  30.25 
 
 		 225 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2787  cytochrome c, class I  32.39 
 
 		 188 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  30.12 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  32.88 
 
 		 200 aa  41.6  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0523  cytochrome c, class I  32.88 
 
 		 112 aa  41.2  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  29.63 
 
 		 221 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  29.41 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2750  cytochrome c class I  33.82 
 
 		 230 aa  40.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0318755  hitchhiker  0.00000419826 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3152  cytochrome c552  33.82 
 
 		 230 aa  40.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720354  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  26.67 
 
 		 211 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  31.25 
 
 		 255 aa  40.4  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1799  cytochrome c family protein  36.49 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000599943  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4954  Cytochrome c553-like protein  26.76 
 
 		 139 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2739  cytochrome c, class I  33.78 
 
 		 218 aa  40  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.437808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  34.72 
 
 		 225 aa  40  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>