More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3330 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  100 
 
 
109 aa  224  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  56.58 
 
 
98 aa  87.8  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  54.79 
 
 
98 aa  85.1  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  43.43 
 
 
196 aa  84.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0313  cytochrome c552  51.47 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.577665  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  40.19 
 
 
103 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3908  cytochrome c, class I  42 
 
 
107 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  50 
 
 
108 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  53.12 
 
 
318 aa  76.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  37.04 
 
 
207 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  38.1 
 
 
207 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  38.1 
 
 
207 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  38.1 
 
 
207 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  37.14 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  37.14 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  37.14 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  37.14 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  39.09 
 
 
205 aa  73.2  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  41.35 
 
 
206 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  45.12 
 
 
206 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  49.28 
 
 
200 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  37.96 
 
 
217 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0717  monoheme cytochrome c  40.82 
 
 
111 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1176  cytochrome c class I  41.1 
 
 
110 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869093 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  36.63 
 
 
222 aa  70.9  0.000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  38.98 
 
 
217 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  36.63 
 
 
222 aa  70.9  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  35.42 
 
 
106 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  41.38 
 
 
217 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  54.72 
 
 
222 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6402  cytochrome c, class I  36.61 
 
 
218 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  40 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  39.18 
 
 
193 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  38.46 
 
 
102 aa  68.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  45.12 
 
 
205 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  34.48 
 
 
265 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  36.19 
 
 
207 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  45.21 
 
 
219 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05467  cytochrome c  36.27 
 
 
129 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  48.48 
 
 
107 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  34.48 
 
 
265 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  34.48 
 
 
265 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  36.89 
 
 
202 aa  67.8  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2409  cytochrome c-552  42.25 
 
 
103 aa  67.4  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  39.05 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  38.14 
 
 
108 aa  67.4  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  41.18 
 
 
219 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  37 
 
 
221 aa  67  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  41.89 
 
 
242 aa  67  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
219 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  37.5 
 
 
206 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  41.24 
 
 
223 aa  66.6  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5824  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
223 aa  66.6  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311103  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  45.07 
 
 
225 aa  66.6  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5036  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
223 aa  66.6  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
219 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  40.79 
 
 
200 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  43.42 
 
 
213 aa  66.2  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  34.78 
 
 
545 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  40.66 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  43.48 
 
 
255 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  36.63 
 
 
215 aa  66.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  41.67 
 
 
223 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  35.85 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  38.54 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0714  monoheme cytochrome c  39.36 
 
 
100 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  33.91 
 
 
215 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  39.76 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  42.47 
 
 
211 aa  65.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  44.78 
 
 
221 aa  65.5  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  36.46 
 
 
204 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4355  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
223 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  43.9 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  39.76 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  39.76 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0546  cytochrome c, class I  41.56 
 
 
249 aa  65.1  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  42.67 
 
 
260 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  41.1 
 
 
219 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  38.68 
 
 
207 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  34.17 
 
 
220 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  42.25 
 
 
104 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3107  cytochrome c4  42.67 
 
 
234 aa  64.7  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0350454  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  38.24 
 
 
207 aa  64.7  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6834  cytochrome c, class I  44.62 
 
 
218 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.221701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4453  cytochrome c class I  41.18 
 
 
226 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12029  normal  0.150095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  45.59 
 
 
216 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  40.96 
 
 
217 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  35.64 
 
 
200 aa  63.9  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  40.96 
 
 
217 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  43.66 
 
 
104 aa  63.9  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  45 
 
 
217 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0006  monoheme cytochrome c  37.5 
 
 
100 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000773885 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1173  cytochrome c class I  42.65 
 
 
136 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000726448 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  47.89 
 
 
123 aa  63.5  0.0000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  39.76 
 
 
212 aa  63.5  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  40.74 
 
 
208 aa  63.2  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2349  cytochrome c class I  44.44 
 
 
219 aa  62.8  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461178  hitchhiker  0.0000000978123 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  40.3 
 
 
105 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0006  monoheme cytochrome c  37.5 
 
 
100 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  40.96 
 
 
217 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>