More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4745 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 254 aa  518  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.94 
 
 		 254 aa  484  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.83 
 
 		 254 aa  391  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.23 
 
 		 255 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.87 
 
 		 255 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.26 
 
 		 255 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.44 
 
 		 255 aa  380  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.47 
 
 		 255 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.5 
 
 		 258 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.05 
 
 		 256 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.08 
 
 		 255 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.69 
 
 		 255 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.82 
 
 		 254 aa  337  8e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.2 
 
 		 257 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  64 
 
 		 257 aa  314  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.2 
 
 		 257 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62 
 
 		 257 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.62 
 
 		 259 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 		 257 aa  219  3e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 		 258 aa  207  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 		 262 aa  192  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 		 266 aa  191  8e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 		 254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 254 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 		 253 aa  189  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 254 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  42.57 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 		 253 aa  186  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 255 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  42.57 
 
 		 255 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 255 aa  185  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 260 aa  185  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 254 aa  185  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  42.57 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 		 255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4321  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 255 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0121776  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 250 aa  179  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  41.37 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 252 aa  175  7e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.264483  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 		 256 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 256 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429161  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 		 250 aa  171  9e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.62 
 
 		 256 aa  169  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 		 252 aa  169  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  38.08 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00331942  hitchhiker  0.00525068 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 251 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6035  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0967664  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 		 258 aa  164  9e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 260 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 		 258 aa  162  7e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.691642  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 257 aa  160  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 259 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 266 aa  159  5e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 		 260 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 266 aa  158  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12779  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 		 260 aa  158  1e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0740489  normal  0.553244 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1682  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 		 266 aa  156  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>