More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4442 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  669    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 309 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 310 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 310 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 310 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  49.65 
 
 		 295 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  34.64 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 296 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 296 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 338 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 293 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 302 aa  138  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 312 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.33 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.45 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.46 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.58 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.58 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.59 
 
 		 304 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.59 
 
 		 304 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.59 
 
 		 304 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.26 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  32.26 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.26 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.26 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.26 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.26 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.26 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.26 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.42 
 
 		 306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  116  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.66 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.77 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.66 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.41 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.8 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.02 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>