60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1997 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1997  site specific recombinase  100 
 
 		 279 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.151252 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  42.91 
 
 		 429 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 404 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  31.84 
 
 		 421 aa  115  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  33.91 
 
 		 444 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  31.8 
 
 		 437 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  28.97 
 
 		 412 aa  92  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  26.59 
 
 		 401 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0789  phage integrase family protein  28.29 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  27.23 
 
 		 388 aa  62.4  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  25.44 
 
 		 414 aa  60.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  25.44 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  24.34 
 
 		 413 aa  55.5  0.0000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  21.96 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1136  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 513 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.97 
 
 		 402 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  29.65 
 
 		 410 aa  51.6  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  26.29 
 
 		 451 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  25.96 
 
 		 448 aa  50.4  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  24.22 
 
 		 399 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  25.11 
 
 		 400 aa  50.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  25.11 
 
 		 400 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  26.29 
 
 		 451 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  24.22 
 
 		 400 aa  50.1  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  26.43 
 
 		 456 aa  49.7  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  23.77 
 
 		 399 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  26.43 
 
 		 451 aa  49.3  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  26.13 
 
 		 389 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  36.11 
 
 		 411 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  33.72 
 
 		 393 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  26.92 
 
 		 422 aa  47.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  33.72 
 
 		 393 aa  47.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  25.6 
 
 		 414 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  23.32 
 
 		 399 aa  47.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  25.54 
 
 		 417 aa  47.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  33.66 
 
 		 426 aa  47  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  22.17 
 
 		 379 aa  46.6  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  26.54 
 
 		 444 aa  46.6  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2013  integrase  30.43 
 
 		 409 aa  46.6  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0417759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  30.6 
 
 		 397 aa  46.2  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  32 
 
 		 467 aa  45.8  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  42.59 
 
 		 422 aa  45.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  34.67 
 
 		 400 aa  44.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2399  hypothetical protein  37.5 
 
 		 137 aa  44.3  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229698  normal  0.0250128 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  27.19 
 
 		 387 aa  44.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  35.14 
 
 		 392 aa  43.9  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  30.19 
 
 		 439 aa  43.9  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  36.92 
 
 		 415 aa  43.5  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  35.38 
 
 		 401 aa  43.5  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  36.92 
 
 		 399 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  42.11 
 
 		 486 aa  43.5  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  36.92 
 
 		 415 aa  43.5  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  34.72 
 
 		 397 aa  43.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0948  putative integrase  44.44 
 
 		 385 aa  43.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  31.63 
 
 		 417 aa  42.7  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  35.38 
 
 		 399 aa  42.7  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  38.55 
 
 		 412 aa  42.4  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3724  putative integrase protein  33.33 
 
 		 143 aa  42.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 393 aa  42.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1061  phage integrase family protein  32.2 
 
 		 464 aa  42.4  0.009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.69421  normal  0.669577 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>