More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3574 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
342 aa  694    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.77 
 
 
373 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0672  histidine kinase  39.39 
 
 
373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
763 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
803 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.623752 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5143  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
408 aa  159  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19932  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 
592 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1524  histidine kinase  37.92 
 
 
592 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64718e-19 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.42 
 
 
373 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5455  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
571 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0104043  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
695 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.71 
 
 
652 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
804 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1846  histidine kinase  34.87 
 
 
501 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.390703 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1844  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
714 aa  152  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.257508  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  35.59 
 
 
1061 aa  152  8.999999999999999e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2683  histidine kinase  36.36 
 
 
490 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000711589 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0619  histidine kinase  38.49 
 
 
313 aa  151  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  35.71 
 
 
623 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
861 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2844  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 
550 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3946  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
448 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
1062 aa  150  3e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  40.81 
 
 
1255 aa  149  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0617  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
557 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543989  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
673 aa  149  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
844 aa  149  9e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0701  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
545 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.310619 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.17 
 
 
608 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
502 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0302487  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1970  histidine kinase  35.42 
 
 
502 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  38.17 
 
 
608 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  38.17 
 
 
608 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  38.17 
 
 
608 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
756 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  38.17 
 
 
608 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  38.17 
 
 
608 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0582  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
587 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.95 
 
 
801 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  35 
 
 
369 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0246  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
573 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.5 
 
 
822 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
488 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1993  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35 
 
 
457 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.61631  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 
970 aa  146  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3573  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 
402 aa  145  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.855521  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0131  histidine kinase  35.82 
 
 
630 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399979  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0073  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 
505 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 
826 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
588 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0622  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 
753 aa  144  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 
1168 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4406  histidine kinase  36.22 
 
 
622 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 
386 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1935  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
386 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487493  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  37.16 
 
 
1092 aa  144  3e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  34.88 
 
 
542 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.83 
 
 
1465 aa  143  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
1021 aa  143  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2216  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 
475 aa  143  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.263831  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0975  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
683 aa  142  8e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.21 
 
 
771 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.98 
 
 
491 aa  142  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2848  histidine kinase  36.13 
 
 
481 aa  142  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  37.02 
 
 
516 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2233  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.31 
 
 
747 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 
702 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
1146 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1293  sensory box sensor histidine kinase  34.01 
 
 
394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00147637  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 
408 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
386 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.732563  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  33.19 
 
 
616 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3582  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
516 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 
862 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.8 
 
 
764 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.64 
 
 
952 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1989  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
566 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
548 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0941  sensor histidine kinase, putative  36.53 
 
 
248 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1180  ATP-binding region, ATPase-like  32.96 
 
 
451 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513704  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
644 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.582192  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 
842 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.82 
 
 
819 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2038  histidine kinase  32.67 
 
 
552 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
671 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0696  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 
570 aa  139  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 
544 aa  139  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2392  histidine kinase  36.48 
 
 
502 aa  139  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3826  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 
492 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.873199  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2959  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
571 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2828  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
584 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2492  sensory box histidine kinase  35.47 
 
 
830 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
468 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4196  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.56 
 
 
680 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0175164 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  32.35 
 
 
630 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 
865 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  34.32 
 
 
801 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  32.89 
 
 
611 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0711  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
702 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
470 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>