More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1180 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1172  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  81.78 
 
 		 450 aa  734    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3756  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  75.11 
 
 		 452 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1180  ATP-binding region, ATPase-like  100 
 
 		 451 aa  907    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2013  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.82 
 
 		 455 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0344  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.65 
 
 		 459 aa  391  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337335  normal  0.899671 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4122  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.49 
 
 		 449 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3946  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.05 
 
 		 448 aa  378  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.27 
 
 		 480 aa  365  1e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.03 
 
 		 463 aa  362  1e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0489906  normal  0.418154 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1953  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.65 
 
 		 458 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1145  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.9 
 
 		 457 aa  355  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2009  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.85 
 
 		 470 aa  335  7.999999999999999e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3093  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.05 
 
 		 444 aa  325  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.61 
 
 		 443 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0491  hydrogen uptake histidine-kinase  43.61 
 
 		 443 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3380  hypothetical protein  40.89 
 
 		 439 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.04 
 
 		 1146 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 		 713 aa  189  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 		 1465 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 1021 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.64 
 
 		 448 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  37.5 
 
 		 439 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 683 aa  180  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  35.71 
 
 		 1850 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 		 683 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 468 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  34.51 
 
 		 730 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 		 594 aa  173  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 		 467 aa  172  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  34.04 
 
 		 708 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  34.04 
 
 		 724 aa  172  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.35 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2543  sensor histidine kinase  31.95 
 
 		 460 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 		 971 aa  171  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 		 678 aa  167  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  37.11 
 
 		 358 aa  167  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  36.97 
 
 		 505 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  34.75 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 		 467 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 389 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 		 557 aa  164  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 		 641 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  37.93 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 		 585 aa  163  5.0000000000000005e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  37.93 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  37.93 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  37.93 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  34.3 
 
 		 308 aa  163  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  37.93 
 
 		 358 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  34.83 
 
 		 1780 aa  162  8.000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  37.93 
 
 		 358 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2365  histidine kinase  35.21 
 
 		 435 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5455  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 		 571 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0104043  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  35.58 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  34.17 
 
 		 770 aa  162  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  34.72 
 
 		 681 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 		 439 aa  162  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  35.23 
 
 		 429 aa  161  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 715 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  35.48 
 
 		 497 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  35.14 
 
 		 305 aa  158  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  37.23 
 
 		 626 aa  158  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2093  histidine kinase  33.57 
 
 		 468 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578999  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0246  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 		 573 aa  157  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 		 1072 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 675 aa  157  5.0000000000000005e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1844  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 714 aa  156  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.257508  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 		 1036 aa  156  8e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  38.26 
 
 		 445 aa  156  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 431 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 407 aa  155  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 566 aa  155  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  36.06 
 
 		 524 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 		 688 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.99 
 
 		 1808 aa  154  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 		 611 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 		 611 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 679 aa  154  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  34.4 
 
 		 408 aa  153  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  33.45 
 
 		 436 aa  153  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  34.4 
 
 		 408 aa  153  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 		 494 aa  153  7e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  35.06 
 
 		 371 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  36.19 
 
 		 611 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 		 589 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 		 553 aa  152  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0765  histidine kinase  29.12 
 
 		 601 aa  151  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 		 594 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 		 602 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  36.1 
 
 		 630 aa  150  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 		 440 aa  150  4e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 		 470 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  32.64 
 
 		 726 aa  150  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 		 928 aa  149  7e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  31.95 
 
 		 313 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 		 680 aa  149  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 		 695 aa  149  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 		 685 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3080  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 		 633 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766415 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  35.06 
 
 		 1187 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>