More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04780 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 205 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  100 
 
 		 205 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  62 
 
 		 200 aa  261  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  62 
 
 		 200 aa  260  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  62 
 
 		 200 aa  260  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  61.5 
 
 		 200 aa  259  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  62 
 
 		 200 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  63.5 
 
 		 200 aa  254  8e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  57.92 
 
 		 207 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 192 aa  151  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  36.81 
 
 		 198 aa  123  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.99 
 
 		 203 aa  92.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  35.88 
 
 		 198 aa  92  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  35.88 
 
 		 198 aa  92  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  28.72 
 
 		 196 aa  91.7  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 190 aa  91.7  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.59 
 
 		 189 aa  91.3  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  29.79 
 
 		 200 aa  90.9  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 215 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 187 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  34.08 
 
 		 195 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  29.48 
 
 		 182 aa  85.9  4e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 209 aa  85.1  6e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 192 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 197 aa  85.1  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  32.32 
 
 		 182 aa  85.1  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  31.87 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  33.9 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  33.52 
 
 		 216 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  31.19 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 177 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.26 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 183 aa  74.7  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.14 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  32.78 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  32.85 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  26.49 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  29.61 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  26.63 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  26.14 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  29.19 
 
 		 190 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 191 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 		 212 aa  72  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  26.49 
 
 		 185 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  26.49 
 
 		 185 aa  72  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  26.49 
 
 		 185 aa  72  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 196 aa  71.6  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  27.46 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  29.19 
 
 		 190 aa  71.6  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  29.19 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  29.19 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  29.19 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  32.8 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  30.98 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  32.8 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  32.8 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  29.19 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  32.8 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>