More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4287 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4287  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  100 
 
 
297 aa  603  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0595  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.95 
 
 
297 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.72 
 
 
289 aa  255  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.950966 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 
273 aa  237  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0181663 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.85 
 
 
297 aa  235  7e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.838406  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.55 
 
 
327 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.69 
 
 
326 aa  152  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13505  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  35.06 
 
 
364 aa  143  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
327 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.047646  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.1 
 
 
343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
323 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
303 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
282 aa  71.6  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.2 
 
 
292 aa  68.9  0.00000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
346 aa  65.9  0.0000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  29.25 
 
 
324 aa  65.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
353 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
292 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  32.23 
 
 
323 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  32.03 
 
 
332 aa  60.8  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
297 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
274 aa  60.5  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
310 aa  60.1  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
292 aa  59.7  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.13 
 
 
330 aa  59.7  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
272 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
319 aa  59.3  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
297 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
299 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
285 aa  58.2  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
274 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
297 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
320 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
261 aa  57.4  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
325 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
322 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2290  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
329 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 
310 aa  56.6  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
346 aa  56.2  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
323 aa  56.2  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.82 
 
 
307 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.74 
 
 
376 aa  55.8  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2290  UDP-glucose 4-epimerase  28.93 
 
 
325 aa  55.8  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.328872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
301 aa  55.8  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
349 aa  55.8  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
318 aa  55.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2250  UDP-glucose 4-epimerase  30.13 
 
 
321 aa  55.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.26 
 
 
342 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.793849  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
302 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
273 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.56 
 
 
560 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
277 aa  55.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
319 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  29.56 
 
 
330 aa  54.3  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.52 
 
 
330 aa  54.3  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.34 
 
 
357 aa  54.7  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1559  UDP-glucose 4-epimerase  29.05 
 
 
338 aa  55.1  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0142095  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1993  UDP-galactose 4-epimerase  28.93 
 
 
327 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.101551  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.82 
 
 
349 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
304 aa  54.7  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2509  UDP-glucose 4-epimerase  28.57 
 
 
329 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  25.93 
 
 
297 aa  54.7  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
279 aa  54.3  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
321 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
359 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
350 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 
279 aa  53.5  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
338 aa  53.5  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
327 aa  53.5  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  29.01 
 
 
318 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
278 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
310 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
278 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
277 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  29.03 
 
 
328 aa  53.1  0.000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
312 aa  53.1  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.01 
 
 
337 aa  53.1  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
326 aa  52.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.88 
 
 
375 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2208  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  25.6 
 
 
329 aa  52.8  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0535487  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5669  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
307 aa  52.4  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00869127 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  25.15 
 
 
290 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  27 
 
 
305 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
320 aa  51.6  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.77 
 
 
295 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
320 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.12 
 
 
290 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 
303 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.52 
 
 
331 aa  52  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
311 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
271 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.73 
 
 
265 aa  52.4  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
334 aa  52  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
510 aa  51.2  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  26.43 
 
 
299 aa  51.2  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  26.5 
 
 
267 aa  51.2  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2567  putative sulfolipid biosynthesis protein  30.06 
 
 
271 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>