More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2567 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2567  putative sulfolipid biosynthesis protein  100 
 
 
271 aa  528  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  97.42 
 
 
271 aa  474  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1956  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.44 
 
 
271 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.307434  normal  0.606516 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.36 
 
 
273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.39 
 
 
301 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.33 
 
 
301 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.14 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.284627  normal  0.304457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3208  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.18 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.77 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.77 
 
 
321 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0069  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
284 aa  68.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.656046  normal  0.384268 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.34 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  32.34 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.34 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.34 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.34 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
321 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
321 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0485  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  29.81 
 
 
281 aa  66.2  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
321 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.17 
 
 
321 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
318 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9273  putative oxidoreductase  29.46 
 
 
306 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  30.11 
 
 
289 aa  63.2  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  33.05 
 
 
332 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
320 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  35.02 
 
 
324 aa  61.6  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  30.68 
 
 
290 aa  61.2  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
321 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
308 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.444146 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.18 
 
 
321 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
312 aa  60.1  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
287 aa  59.3  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  28.9 
 
 
320 aa  59.3  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 
318 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0902  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
301 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.22 
 
 
285 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0296892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
319 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.18 
 
 
327 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2008  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.03 
 
 
723 aa  57.4  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.16 
 
 
307 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
308 aa  56.6  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
303 aa  57  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
291 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.16 
 
 
307 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
285 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2950  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
303 aa  56.2  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29 
 
 
327 aa  56.2  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  29.02 
 
 
309 aa  56.2  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
285 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.304626 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
341 aa  55.5  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
318 aa  55.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  26.38 
 
 
329 aa  55.1  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  27.18 
 
 
323 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
323 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
329 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.45 
 
 
307 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
313 aa  54.3  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
352 aa  54.3  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 
292 aa  54.3  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.84 
 
 
320 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.88 
 
 
304 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.96 
 
 
306 aa  53.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
311 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
296 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.37 
 
 
306 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
318 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
285 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.181734 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28493  predicted protein  25.57 
 
 
360 aa  52.8  0.000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000203706  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_33729  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 
360 aa  52.8  0.000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000000109637  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
506 aa  52.4  0.000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.05 
 
 
304 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  28.39 
 
 
303 aa  51.6  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28436  predicted protein  25.25 
 
 
360 aa  51.6  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.981299  normal  0.211421 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
303 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
336 aa  51.6  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.46 
 
 
278 aa  51.6  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  27.89 
 
 
316 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
289 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.28982  normal  0.261949 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  29.51 
 
 
304 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  33.06 
 
 
289 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
318 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
318 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  26.54 
 
 
294 aa  51.2  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
332 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  29.51 
 
 
304 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
309 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.25 
 
 
288 aa  50.8  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
304 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
277 aa  50.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.86 
 
 
285 aa  50.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
317 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  28.57 
 
 
304 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.32 
 
 
309 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
309 aa  51.2  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1106  UDP-glucose 4-epimerase  31.65 
 
 
337 aa  51.2  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.675883  normal  0.914714 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.51 
 
 
304 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
291 aa  50.4  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
287 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>