More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1377 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 321 aa  653    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  64.33 
 
 		 317 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.7 
 
 		 320 aa  391  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.56 
 
 		 320 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.75 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.97 
 
 		 315 aa  378  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  59.55 
 
 		 326 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  60.32 
 
 		 318 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.93 
 
 		 322 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.55 
 
 		 320 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.5 
 
 		 322 aa  362  6e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.62 
 
 		 319 aa  361  8e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  59.06 
 
 		 323 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  57.64 
 
 		 326 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.52 
 
 		 313 aa  350  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  52.68 
 
 		 508 aa  343  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 		 315 aa  332  4e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  53.46 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 		 320 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.54 
 
 		 320 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  52.37 
 
 		 309 aa  315  9e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.12 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  47.96 
 
 		 321 aa  305  9.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.77 
 
 		 341 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.64 
 
 		 324 aa  302  5.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.8 
 
 		 302 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.74 
 
 		 506 aa  295  5e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.16 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.05 
 
 		 293 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.55 
 
 		 338 aa  287  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.51 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  51.13 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  49.03 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.35 
 
 		 321 aa  276  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.62 
 
 		 328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.13 
 
 		 314 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.48 
 
 		 318 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.58 
 
 		 320 aa  252  7e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.76 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.73 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  38.87 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.94 
 
 		 320 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  38.24 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  44.05 
 
 		 324 aa  237  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  44.94 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.94 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.94 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.94 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.94 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.94 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.94 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  43.53 
 
 		 318 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.99 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.99 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.12 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  43.81 
 
 		 332 aa  228  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  37.58 
 
 		 320 aa  208  8e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.69 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 		 321 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  32.55 
 
 		 307 aa  179  8e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  36.46 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  36.99 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.47 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 		 307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 		 287 aa  142  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.1 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 		 349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.7 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.4 
 
 		 331 aa  105  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.4 
 
 		 331 aa  105  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 		 331 aa  105  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 		 336 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 		 318 aa  99.8  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 		 343 aa  98.6  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.99 
 
 		 371 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.99 
 
 		 371 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.99 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.123025 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1545  glycosyl transferase group 1  50.48 
 
 		 339 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.148991  normal  0.0675675 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  32.3 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 		 330 aa  97.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.08 
 
 		 357 aa  96.7  5e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 		 329 aa  96.3  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000513582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.07 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 		 307 aa  96.3  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>