More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1551 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
302 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.5 
 
 
319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.8 
 
 
321 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.04 
 
 
315 aa  311  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  54.7 
 
 
318 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.27 
 
 
320 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.24 
 
 
313 aa  295  5e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.98 
 
 
320 aa  295  5e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.87 
 
 
320 aa  292  5e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  52.35 
 
 
317 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.2 
 
 
322 aa  285  5.999999999999999e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.38 
 
 
319 aa  285  8e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.92 
 
 
322 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.48 
 
 
508 aa  273  2.0000000000000002e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  53.43 
 
 
323 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.47 
 
 
315 aa  268  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.73 
 
 
324 aa  267  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  50.17 
 
 
326 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
341 aa  262  6e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.55 
 
 
309 aa  261  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.61 
 
 
293 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  48.14 
 
 
326 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.16 
 
 
309 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  49.43 
 
 
323 aa  255  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  52.83 
 
 
306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  49.43 
 
 
309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.85 
 
 
320 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  46.62 
 
 
321 aa  241  7.999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.05 
 
 
328 aa  241  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.65 
 
 
320 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.38 
 
 
506 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.65 
 
 
338 aa  232  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.3 
 
 
313 aa  226  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.4 
 
 
321 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  44.57 
 
 
309 aa  220  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  46.18 
 
 
324 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.88 
 
 
323 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  50 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.09 
 
 
314 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.71 
 
 
321 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  48.71 
 
 
321 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.71 
 
 
321 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.71 
 
 
321 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.71 
 
 
321 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.71 
 
 
321 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.71 
 
 
321 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.02 
 
 
321 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.49 
 
 
320 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.48 
 
 
318 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
321 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.62 
 
 
321 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.62 
 
 
321 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.27 
 
 
321 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.21 
 
 
320 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.1 
 
 
318 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  40.15 
 
 
318 aa  192  7e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  45.42 
 
 
332 aa  191  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  38.64 
 
 
318 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.81 
 
 
307 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  37.1 
 
 
320 aa  149  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.89 
 
 
321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.91 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.08 
 
 
307 aa  139  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  33.07 
 
 
307 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
307 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.94 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.95 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.4 
 
 
310 aa  119  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.36 
 
 
313 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
305 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 
310 aa  104  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.76 
 
 
321 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
349 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  34.7 
 
 
289 aa  99.4  6e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
333 aa  99  8e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.95 
 
 
287 aa  95.9  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
298 aa  95.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  34.25 
 
 
290 aa  95.5  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
287 aa  90.1  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
333 aa  89  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
346 aa  87.8  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
331 aa  87.8  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 
285 aa  87.4  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
331 aa  86.7  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.05 
 
 
330 aa  87  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
334 aa  85.9  8e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 
318 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
330 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
319 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.83 
 
 
352 aa  80.1  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
353 aa  79.7  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
334 aa  79.3  0.00000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.21 
 
 
331 aa  78.2  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297924  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.15 
 
 
330 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>